ちょっと状況が見えないので、以下の点について確認していただけると助かります。

1.環境について
お使いのUbuntuのバージョンはどれでしょうか。本家版か日本語ローカライズドか、雑誌の付録かFirefoxのバージョンなどもあわせてお知らせいただけるとより詳しい状況が把握できるかもしれません。
・Ubuntu 8.04
・Kubuntu 8.04
・Ubuntu 7.10
・Kubuntu 7.10

2.問題の詳しい状態について
Firefoxを開き、表示＞ツールバー＞カスタマイズを選択するだけで再現されるものなのでしょうか。また、 「KDEのセッションでは多発する」ということはGNOMEではまったく発生しないということでいいのでしょうか。マウスポインタが効かなくなってもキーボードは効いている（例えばAlt+Tabを押せばアプリケーションが切り替わる）のでしょうか。

質問ばかりになってしまいましたが、よろしくお願いいたします。