apt-getコマンドが折角紹介されているので、ubuntu 14.04より使用可能になっている、
APTコマンドもついでに参考にしてください。
第327回　aptコマンドを使ってみようが役に立つと思ます。

update は、パッケージ一覧を更新 (バージョン) をチェックする作業で、パッケージは更新されません。
upgrade は、パッケージ一覧に基づいて、パッケージのアップデートをするコマンドです。

update しただけでは、最新の状態にはなりません。
また、パッケージが更新されていない状態で upgrade しても、パッケージは更新されないはずです。


GUI のアップデートの通知は、内部で定期的に update を実行しており、
取得したパッケージ一覧と PC 内のパッケージ一覧に差が生じた場合にのみ、
アップデートの通知をシます。
ユーザが更新ボタンを押すことにより、upgrade が実行されます。