追加の情報です。
$ ksudoku &
と入力したあとのメッセージも投稿しておきます。

$ ksudoku &
[1] 3735
$ Gtk-Message: Failed to load module "overlay-scrollbar"
/usr/share/themes/Ambiance/gtk-2.0/apps/mate-panel.rc:30: error: invalid string constant "murrine-scrollbar", expected valid string constant
ksudoku(3735): Failed to lock file "" , last result = 2
ksudoku(3735)/kdeui (KIconLoader): Unable to lock pixmap cache when trying to discard it
Set difficulty = 40
Set new difficulty = 2
SudokuBoard: type 0 PlainSudoku, block 3, order 9, BoardArea 81
Entered generatePuzzle(): difficulty 2, symmetry 6　　　　　　　　　（−−−−−−＞ここまででゲームの条件がそろいました。）
Connecting to deprecated signal QDBusConnectionInterface::serviceOwnerChanged(QString,QString,QString)
QDBusConnection: session D-Bus connection created before QCoreApplication. Application may misbehave.
QDBusConnection: session D-Bus connection created before QCoreApplication. Application may misbehave.
Gtk-Message: Failed to load module "overlay-scrollbar"
/usr/share/themes/Ambiance/gtk-2.0/apps/mate-panel.rc:30: error: invalid string constant "murrine-scrollbar", expected valid string constant
kbuildsycoca4 running...
kbuildsycoca4(3752) KBuildSycoca::checkTimestamps: checking file timestamps
kbuildsycoca4(3752) KBuildSycoca::checkTimestamps: timestamps check ok
kbuildsycoca4(3752) kdemain: Emitting notifyDatabaseChanged ()
QDBusConnection: session D-Bus connection created before QCoreApplication. Application may misbehave.
QDBusConnection: session D-Bus connection created before QCoreApplication. Application may misbehave.
Gtk-Message: Failed to load module "overlay-scrollbar"
/usr/share/themes/Ambiance/gtk-2.0/apps/mate-panel.rc:30: error: invalid string constant "murrine-scrollbar", expected valid string constant

ご回答ありがとうございます。
早速試しました。

１）
おっしゃるように
$ ksudoku %i -qwindowtitle %c
とすると
$ ksudoku %i -qwindowtitle %c
ksudoku: 未知のオプション qwindowtitle。
ksudoku: 利用可能なコマンドラインオプションを表示するには --help を使ってください。
と言われ、KSudokuは実行されませんでした。（不具合が再現されました。）

2)
/usr/share/applications/kde4/org.kde.ksudoku.desktopを修正して
（Exec=ksudoku %i -qwindowtitle %cを削除）コマンドラインから実行したところ
正常にKSudokuが立ち上がりました。（再現されました。）

3)
貴Ubuntu(Unity)のランチャーに自分でアプリを登録する方法にてKSudokuアプリを登録しました。
　（コマンド名（アプリケーション名）がそれぞれ明記されていたので容易に操作できました。）
17.10で新しくなった「メニューバー」の下にあるアプリケーション表示ボタンでGNOMEのすべてのアプリを表示させると
「一応」KSudokuが登録されていて、そこからKSudokuが起動できました。
また、「メニューバー」にも登録ができ、そこからKSudokuが起動できました。

4)
ただしアイコンがバイナリーの四角いアイコンになってしまいました。
数独の絵の書いてあるオリジナルのアイコンではKSudokuが起動できません。
四角いアイコンからはKSudokuが起動できます。

引き続き解決策を回答していただけるなら、嬉しいのですが
この件は本題からそれるので別問題として質問したいと思います。

的確なご回答ありがとうございました。