user-dirs.dirsを手動で修正してみるのはどうでしょう？
gedit ~/.config/user-dirs.dirs

私が試用している18.04では以下のようになっていました。

XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/デスクトップ"
XDG_DOWNLOAD_DIR="$HOME/ダウンロード"
XDG_TEMPLATES_DIR="$HOME/テンプレート"
XDG_PUBLICSHARE_DIR="$HOME/公開"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME/ドキュメント"
XDG_MUSIC_DIR="$HOME/ミュージック"
XDG_PICTURES_DIR="$HOME/ピクチャ"
XDG_VIDEOS_DIR="$HOME/ビデオ"