インストールの際、ディスクの全領域を使うよう指定すると、リカバリ領域も含め元々あったものはすべて削除されます。

事前の対策はあるのでしょうか？

Windowsと共存させる(デュアルブート)させる方法もありますが、面倒ですし、操作をしくじるとリカバリ領域を潰してしまう可能性があります。
Windows上に仮想環境を作ったほうが一番安全かと思います。