array様

Higuchiです。

早速コメントを戴きありがとうございます。

./configureしたところ、
configure: error: Could not find required libxc library ( >= v 2.0.0).
というエラーメッセージが出てきました。


以下が./configureの結果です。エラーは1ケ所のみで、最後から2行目のところに出ています。
最後から2-4行に何かヒントがありそうですが、どうすれば良いかが分かりません。
教えてください。よろしくお願い致します。

user@user-desktop:~$ cd /home/user/octopus-4.1.2/octopus-4.1.2
user@user-desktop:~/octopus-4.1.2/octopus-4.1.2$ ./configure
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p
checking for gawk... gawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
checking build system type... x86_64-unknown-linux-gnu
checking host system type... x86_64-unknown-linux-gnu
checking whether ln -s works... yes
checking whether make sets $(MAKE)... (cached) yes
checking for ranlib... ranlib
checking for bison... no
checking for byacc... no
checking for gcc... gcc
checking whether the C compiler works... yes
checking for C compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables...
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
checking for style of include used by make... GNU
checking dependency style of gcc... gcc3
checking dependency style of gcc... gcc3
checking for inline... inline
checking for C/C++ restrict keyword... __restrict
checking for __builtin_prefetch... yes
checking for dirent.h that defines DIR... yes
checking for library containing opendir... none required
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep
checking for egrep... /bin/grep -E
checking for ANSI C header files... yes
checking for sys/types.h... yes
checking for sys/stat.h... yes
checking for stdlib.h... yes
checking for string.h... yes
checking for memory.h... yes
checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking signal.h usability... yes
checking signal.h presence... yes
checking for signal.h... yes
checking errno.h usability... yes
checking errno.h presence... yes
checking for errno.h... yes
checking for size_t... yes
checking for working alloca.h... yes
checking for alloca... yes
checking for an ANSI C-conforming const... yes
checking for pid_t... yes
checking for size_t... (cached) yes
checking whether time.h and sys/time.h may both be included... yes
checking size of void*... 8
checking size of size_t... 8
checking for uint32_t... yes
checking for uint64_t... yes
checking size of unsigned int... 4
checking size of unsigned long... 8
checking size of unsigned long long... 8
checking whether gcc needs -traditional... no
checking whether lstat correctly handles trailing slash... yes
checking whether stat accepts an empty string... no
checking for gettimeofday... yes
checking for strndup... yes
checking for tcgetpgrp... yes
checking for scandir... yes
checking for alphasort... yes
checking for sigaction... yes
checking for readdir... yes
checking for closedir... yes
checking for strchr... yes
checking for strtod... yes
checking for perror... yes
checking for strcasestr... yes
checking for sbrk... yes
checking for getopt_long... yes
checking for uname... yes
checking for ioctl... yes
checking papi.h usability... no
checking papi.h presence... no
checking for papi.h... no
checking for PAPI_library_init... no
checking whether the compiler accepts the __m128d type... yes
checking whether FMA4 instructions can be used... no
checking whether the compiler accepts the __m256d type... yes
checking whether AVX instructions can be used... no
configure: Architecture-specific code:
***************************
This is a x86_64 processor:
vectorial code: yes (sse2)
***************************
checking whether NEWUOA is enabled... no
checking for perl... /usr/bin/perl
checking for xlf90... no
checking for f90... no
checking for pgf90... no
checking for pghpf... no
checking for epcf90... no
checking for gfortran... gfortran
checking whether we are using the GNU Fortran compiler... yes
checking whether gfortran accepts -g... yes
checking for Fortran flag to compile .f90 files... none
configure: Using FCFLAGS="-pipe -O3 -funroll-loops -ffast-math -ffree-line-length-none"
checking how to get verbose linking output from gfortran... -v
checking for Fortran libraries of gfortran...  -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../.. -lgfortran -lm -lquadmath
checking for dummy main to link with Fortran libraries... none
checking for Fortran name-mangling scheme... lower case, underscore, no extra underscore
checking for the size of a Fortran integer... 4 bytes
checking for which C type corresponds to Fortran integer... int
checking for flush... yes
checking for Fortran sizeof intrinsic... yes
checking for loc... yes
checking whether the compiler accepts very long lines... yes
checking whether the compiler accepts "line-number" lines cast by the preprocessor... yes
checking how to access command line arguments... Fortran 2003
checking for Fortran 2003 c_ptr type... yes
checking fortran 90 modules inclusion flag... -I
**********************************************
***   octopus + utilities will be generated
**********************************************
checking for libxc... no (-I/usr/include -lxc)
no (-I/usr/include -L/lib -lxc)
configure: error: Could not find required libxc library ( >= v 2.0.0).
user@user-desktop:~/octopus-4.1.2/octopus-4.1.2$

octopusのバージョンが古すぎるのではないでしょうか。
私の環境でも4.1.2はconfigureでlibxcのエラーが出ましたが、
6.0、7.2、8.2は大丈夫なようです。

array による投稿:

多分、Octpusはこれだとおもうんですが、これならdebがあるのでそのままインストールすれば良いのでは？

debファイルはOctopus 5.0までしかないみたいです。
それもUbuntu 14.04用ですし。

Higuchi による投稿:

octopusのバージョンが古すぎるのでは? とのことだったので、octopus-6.0をインストールしてみました。
しかし結果は同じで、runしたところ、下記エラーがでました。
Error while loading shared libraries: libxc.so.1 cannot open shared object file: no such file or directory.

では端末で以下の二つのコマンドを実行してから、octopusを実行してみてください。

cd /usr/lib/x86_64-linux-gnu/
sudo ln -s libxc.so.4.0.0 libxc.so.1

aaabbbcccdddeeefffggghhh様

Higuchiです。
お忙しい中、色々と教えて頂きありがとうございます。

(1) 端末で以下の二つのコマンドを実行して、octopusを実行
********************************
cd /usr/lib/x86_64-linux-gnu/
sudo ln -s libxc.so.4.0.0 libxc.so.1
********************************
⇒　教えに従い実行しましたところ、
Error while loading shared libraries: libxc.so.1 cannot open shared object file: no such file or directory.
というエラーは出なくなりました。
しかし、
******************************************************
symbol lookup error: octopus: undefined symbol: xc_f90_func_init_
******************************************************
という新たなエラーが出るようになりました。libxcに関するエラーのようです。
エラーの内容は下記です。

********************************************
Running octopus

Version                : 4.1.2
Revision               : 11533 [vxc_inc.F90 2013-11-18]
Build time             : Sat Jun  6 16:09:21 JST 2015
Configuration options  : max-dim=3 sse2
Optional libraries     :
Architecture           : x86_64
C compiler             : gcc
C compiler flags       :  -O3 -I/usr/include
Fortran compiler       : gfortran
Fortran compiler flags : -O3

           The octopus is swimming in user-desktop (Linux)


            Calculation started on 2018/11/04 at 16:44:29


************************** Calculation Mode **************************
Input: [CalculationMode = gs]
**********************************************************************

Reading Coordinates from Coordinates block

****************************** Species *******************************
Reading pseudopotential from file:
      '/home/user/octopus-4.1.2/octopus-4.1.2/share/octopus/PP/PSF/C.psf'
      Calculating atomic pseudo-eigenfunctions for species C ....
octopus: symbol lookup error: octopus: undefined symbol: xc_f90_func_init_
user@user-desktop:~/octopus-4.1.2/octopus-4.1.2/TEST1$ octopus > out.log
octopus: symbol lookup error: octopus: undefined symbol: xc_f90_func_init_
user@user-desktop:~/octopus-4.1.2/octopus-4.1.2/TEST1$

**************************************************************


(2)余談ですが、aaabbbcccdddeeefffggghhh様の環境 (Ubuntu 18.10) で octopus-6.0 を ./configure、make、sudo make install した場合、libxc.so.4 をリンクするため、
Error while loading shared libraries: libxc.so.1 cannot open shared object file: no such file or directory.

というエラーは出ないようです。


⇒octopus-6.0をインストールしたつもりでいましたが、実際にはインストールされていませんでした。頑張ってみます。

aaabbbcccdddeeefffggghhh様

Higuchiです。
教えて頂いた方法でoctopus-6.0をインストールし、簡単なプログラムを流してみました。
結果はOKです。
お忙しい中、親切に教えて頂き本当にありがとうございました。
今後ともご指導の程、よろしくお願いいたします。

教えて頂いた方法と、私が今までやっていた方法を下記してみました。
何が間違っていたのか知っておきたいと思います。
もし時間が取れた時で結構ですので、教えて頂ければと思っています。
(急いではいません。)

[A] Ubuntu 18.04.1 LTSにoctopus-6.0をインストール
　<<<  aaabbbcccdddeeefffggghhh様の方法 >>>
[1] sudo apt install make g++ libxc-dev fftw-dev libblas-dev liblapack-dev libgsl-dev gfortran libfftw3-dev
[2] tar xavf octopus-6.0.tar.gz
[3] cd octopus-6.0/
[4] ./configure
[5] make
[6] sudo make install


[b] Ubuntu 16.04 LTSにoctopus-4.0.1をインストール
　<<< Higuchiの方法 >>
[1] gfortran, gcc, make, automake, m4, libtool, libgsl0-dev, libblas-dev, liblapack-dev, およびlibfftw3-dev, cl-fftw3, libsl0-dev, およびlibxc-devをubuntu software centerより入手。
[2] tar xavf octopus-4.0.1.tar.gz
[3] cd octopus-4.0.1/
[4] ./configure --prefix=`pwd` CC=gcc FC=gfortran FCCPP="/lib/cpp -ansi" FCFLAGS=-O3 CFLAGS=-O3
[5] make
[6] sudo make install

***備考***
aaabbbcccdddeeefffggghhh様とHiguchiでは、
[1] g++, fftw-dev, libqsl-dev
[4] ./configure
が違うような気がします。

aaabbbcccdddeeefffggghhh様

Higuchiです。
今回の問題に関するまとめ、私の質問に対する回答、すべて論理的に説明していただき良い勉強になります。
本当にありがとうございました。
そういえば、aaabbbcccdddeeefffggghhh様には2016年2月にも "Synapic パッケージマネージャでlibopenmpi-devをインストールしようとしましたが、上手く行きません" でもお世話になりました。
重ね重ねお礼申し上げます。
ありがとうございました。