そういう設定項目は無いようですね。
Ubuntu Dockの元になったDash to Dockにも無いようです。

根本的な解決にはなりませんが、Dash to Panelという拡張機能はサムネイルの順番が固定されているようです。
ただDash to PanelはUbuntu Dockとは使い勝手が全く違うので代替にはなりませんが。

　こんにちは、nikolateさん。

　私はアイコンをbotomに設定していますが、ChromiumやFirefoxの左側に置いたアイコンの
位置は変更できています。アイコンをChromiumやFirefoxの右側に置くと、マウスにて位置の
変更はNGになりますね。
　つまり、ChromiumやFirefoxを右端に置けば、アイコンは自由に動かせるようです。