ふと気付いたのですが、以前はNautilusを起動するとトップメニューに「ファイル」や「表示」といったアプリケーションメニューが表示されていたと記憶しているのですが、いつの間にか表示されなくなっていました。

18.04からそうだったのかも。
Nautilusをツリー表示にするにはアプリケーションメニューから設定する必要がある様なのでちょっと困っています。致命的ではないですが。