sudo mkdir root-6.16.00/cmake_build
cd root-6.16.00/cmake_build
sudo cmake ../ -DPYTHON_EXECUTABLE=/usr/bin/python3

多分、このあたりの操作でエラーになったのだろうと思います。
まず make ではなく cmake ですね。

正しく cmake を行なっているのであれば、その場合は cmakeの上の 2行を実行したときにエラーが出ていなかったかが気になります。
pwd を実行するとどんな結果が出ますか。
ls を実行するとどんな結果が出ますか。

sudo cmake ../ -DPYTHON_EXECUTABLE=/usr/bin/pytho
を実行したところ以下のようになりました。ちょっとよくわからないです。


-- ROOT default compression algorithm: zlib
-- Found GCC. Major version 7, minor version 4
-- Found a 64bit system
-- Found GNU compiler collection
-- ROOT Platform: linux
-- ROOT Architecture: linuxx8664gcc
-- Build Type: RelWithDebInfo
-- Compiler Flags:  -std=c++11 -Wno-implicit-fallthrough -Wno-noexcept-type -pipe  -Wshadow -Wall -W -Woverloaded-virtual -fsigned-char -pthread
-- Binutils as version: 2.30
-- Building freetype version 2.6.1 included in ROOT itself
-- Building LZMA version 5.2.4 included in ROOT itself
-- Looking for X11
-- Could NOT find GIF (missing: GIF_LIBRARY GIF_INCLUDE_DIR)
-- Could NOT find TIFF (missing: TIFF_LIBRARY TIFF_INCLUDE_DIR)
-- Could NOT find JPEG (missing: JPEG_LIBRARY JPEG_INCLUDE_DIR)
-- Building AfterImage library included in ROOT itself
-- Looking for python
CMake Error at /usr/share/cmake-3.10/Modules/FindPackageHandleStandardArgs.cmake:137 (message):
  Could NOT find PythonLibs (missing: PYTHON_LIBRARIES PYTHON_INCLUDE_DIRS)
Call Stack (most recent call first):
  /usr/share/cmake-3.10/Modules/FindPackageHandleStandardArgs.cmake:378 (_FPHSA_FAILURE_MESSAGE)
  /usr/share/cmake-3.10/Modules/FindPythonLibs.cmake:262 (FIND_PACKAGE_HANDLE_STANDARD_ARGS)
  cmake/modules/SearchInstalledSoftware.cmake:9 (_find_package)
  cmake/modules/SearchInstalledSoftware.cmake:441 (find_package)
  CMakeLists.txt:159 (include)


-- Configuring incomplete, errors occurred!
See also "/usr/local/root-6.18.02/cmake_build/CMakeFiles/CMakeOutput.log".
See also "/usr/local/root-6.18.02/cmake_build/CMakeFiles/CMakeError.log"

sudo apt -y install libx11-dev libxpm-dev libxft-dev libxext-dev libgsl0-dev python3-dev

を実行すると

Reading package lists... Done
Building dependency tree
Reading state information... Done
E: Unable to locate package libgs10-dev

のようになります。https://root.cern.ch/build-prerequisites#ubuntuにlibgs10-devがないのでそれは無視していいのかなと思ったのですが、どうなんでしょうか？

また、昔の文献を参考にして適当に

sudo apt install python-dev

をやってしまったためだとおもうのですが、もう一度Python3-devをインストールしても

-- ROOT default compression algorithm: zlib
-- Found GCC. Major version 7, minor version 4
-- Found a 64bit system
-- Found GNU compiler collection
-- ROOT Platform: linux
-- ROOT Architecture: linuxx8664gcc
-- Build Type: RelWithDebInfo
-- Compiler Flags:  -std=c++11 -Wno-implicit-fallthrough -Wno-noexcept-type -pipe  -Wshadow -Wall -W -Woverloaded-virtual -fsigned-char -pthread
-- Binutils as version: 2.30
-- Building freetype version 2.6.1 included in ROOT itself
-- Building LZMA version 5.2.4 included in ROOT itself
-- Looking for X11
-- Could NOT find GIF (missing: GIF_LIBRARY GIF_INCLUDE_DIR)
-- Could NOT find TIFF (missing: TIFF_LIBRARY TIFF_INCLUDE_DIR)
-- Could NOT find JPEG (missing: JPEG_LIBRARY JPEG_INCLUDE_DIR)
-- Building AfterImage library included in ROOT itself
-- Looking for python
[b]CMake Error at cmake/modules/SearchInstalledSoftware.cmake:444 (message):
  Version mismatch between Python interpreter (3.6.8) and libraries
  (2.7.15+).

  ROOT cannot work with this configuration.  Please specify only
  PYTHON_EXECUTABLE to CMake with an absolute path to ensure matching
  versions are found.
Call Stack (most recent call first):
  CMakeLists.txt:159 (include)[/b]


-- Configuring incomplete, errors occurred!
See also "/usr/local/root-6.18.02/cmake_build/CMakeFiles/CMakeOutput.log".
See also "/usr/local/root-6.18.02/cmake_build/CMakeFiles/CMakeError.log".

となり、太文字の部分が変わってしまいました。
どうすればよいでしょうか、またはコンパイラをアンインストールする方法か初期化する方法を教えていただければ幸いです。

何度もすみません。そのあと、python3ではなくpythonで

sudo cmake ../ -DPYTHON_EXECUTABLE=/usr/bin/python

実行してみたら通ったみたいで、

sudo make

を行ったら、現在進行形で処理していると思われるのですがそれで大丈夫なのでしょうか。
pythonが最新版ではないことはいささか不安になります。

happyboy による投稿:

何度もすみません。そのあと、python3ではなくpythonで

コード:

sudo cmake ../ -DPYTHON_EXECUTABLE=/usr/bin/python

実行してみたら

それだと、Python 3 ではなく Python 2 を使うようになっていますね。
Python 3 を諦めて Python 2 を使うことにするのならそれでも良いのではないかと思います。

Python 3 でいきたいのならば、ひとつずつでもエラーの箇所を潰していくしかないでしょう。
cmake より前の手順で以下のエラーが出ているとのことなので、これを潰すのが先決です。

happyboy による投稿:

E: Unable to locate package libgs10-dev

たぶん apt install の前に apt update をしていないのが原因と思われるので、これをしてからやりなおしてはどうでしょうか。

sudo apt update
sudo apt -y install libx11-dev libxpm-dev libxft-dev libxext-dev libgsl0-dev python3-dev

libgsl0-devでやったら

sudo apt install libgsl0-dev

はうまくいきました、ありがとうございます。思い込みってすごいですね。
今度は

CMake Error at cmake/modules/SearchInstalledSoftware.cmake:444 (message):
  Version mismatch between Python interpreter (3.6.8) and libraries
  (2.7.15+).

とでてきました。これは、python2もインストールしてしまったことに起因していると思うのですが
このlibrariesを3.6にする方法を教えていただけたらと思います。
質問ばかりですいません。