Ubuntuのバージョンは何で、使っているPCは何（自作ならCPUとかメモリ量とかグラフィックボードとか）かとか、何をやって、どんなときにそのメッセージが出たのか、それだけなのか、他にもあるのかなど状況がわからないと他の人は何もできないです。

バグとして報告されているみたいです。
    Bug #1800196 “spice-vdagent[1345]: Cannot access vdagent virtio ...” : Bugs : spice-vdagent package : Ubuntu


この中で以下の修正方法 (対症療法) が提示されています。
デスクトップ版にだけ影響するらしく、デスクトップを使わない小生の環境では動作等は確認していないのでご了承ください。

まずは、以下の二つのファイルに X-GNOME-Autostart-enabled=false という一行を追記します。

/etc/xdg/autostart/spice-vdagent.desktop
/usr/share/gdm/autostart/LoginWindow/spice-vdagent.desktop

その後に、以下のふたつのコマンドを実行してください。

sudo systemctl stop spice-vdagentd
sudo systemctl disable spice-vdagentd

上記 URL によると、これはデスクトップ環境のパッケージを一括指定する ubuntu-desktop パッケージで、なぜか仮想環境ののときにだけ必要になる spice-vdagent パッケージまで指定されているのが原因と指摘されています。
そうであれば不要な spice-vdagent パッケージを削除してしまえばという考え方もありますが、その場合は ubuntu-desktop パッケージも一緒に削除されて宙に浮いた依存関係が残るためあまりお勧めできません