現在ノートPC1台に対して、WindowsとUbuntu2つの合計3つを暗号化した状態でインストールしたいと思っています。

WindowsとUbuntuをデュアルブートするだけなら、Windowsをインストールしたあと、Ubuntuをインストール時にその他を選択して自力でパーティションを切って、/bootをマウントしたパーティションと暗号化パーティションに/をマウントしてインストールしてあげれば、起動時はgrubからWindows ManagerかUbuntuを選択することができ、選択したあとパスワードを入力すればOSが起動します。

2つ目のUbuntuをインストールする場合、どのようにすればいいのでしょうか？

単に同じ方法で新たなパーティションを設定すると、最後にインストールしたUbuntuしか起動できなくなってしまいました。