違和感無く使える設定にできました。
参考にしたのはこちらのサイトで
ttp://d.hatena.ne.jp/higepon/20070421/1177119842

xev
でキーコードを調べ

gedit ~/.Xmodmap
でホーム直下の.Xmodmapを編集

xmodmap ~/.Xmodmap
で反映


以下具体例です。

#/etc/X11/xorg.confの一部
Section "InputDevice"
    Identifier    "Generic Keyboard"
    Driver        "kbd"
    Option        "XkbRules"    "xorg"
    Option        "XkbModel"    "jp106"
    Option        "XkbLayout"    "jp,jp"
    Option        "XkbVariant"    "106,"
    Option        "XkbOptions"    "grp:alt_shift_toggle,grp_led:scroll"
EndSection

#~/.Xmodmapの中身
keycode 90 = KP_0
keycode 87 = KP_1
keycode 88 = KP_2
keycode 89 = KP_3
keycode 83 = KP_4
keycode 84 = KP_5
keycode 85 = KP_6
keycode 79 = KP_7
keycode 80 = KP_8
keycode 81 = KP_9
keycode 134 = comma
keycode 91 = period
keycode 157 = equal
keycode 77 = BackSpace

Apple Keyboard（アルミニウム）(jis)(有線)で
今現在のubuntu8.04の場合
Num_Lockの挙動自体が変(私が設定を間違えてるだけかもしれないですが)なので
keycode 77 = BackSpace
でバックスペースにしてしまってNum_Lockを無効にしています。

テンキー要らないって人も多いですが表計算の入力とか楽なんですよっ

knxg9001さん、ありがとうございます
リンク先の
Under Miscellaneous compatibility options, select both Default numeric keypad keys and Numeric keypad keys work as with Mac
を見てわかりました、レイアウトオプション(互換性オプション？)でモロに設定できるんですね
でもバグ報告もあるような微妙な事に…？
忘れないようにメモっときます、ありがとうございます

MacBookのテンキー無しキーボードで
fn押し下げ状態時だけメインがテンキーになるらしいので
もしかするとその挙動とNum_Lock挙動がごっちゃになってるのかなと思ったりしましたが
MacBook自体は持っていないしドライバのソース見る根性がありません。