いくつかの実験を行ってわかってきたことを記します

あの後、どうやっても状況が好転せず、また様々な手法を試しすぎてワケワカメに陥ってしまったので
再インストールを行い、順を追いなおすことにしました

●/etc/defaulb/keybordファイル
このファイルのXKBOPTIONSにキースワップのオプションを書き込む方法は明確に問題があることがわかりました
　１、このファイルはGUIの　設定→地域と言語→入力ソースを少し変更しただけで内容が変化してしまう
　　　変化した場合にXKBOPTIONS等の値は破壊されるらしい（キーの入れ替え設定等がトんでしまう）
　２、未確認だがおかしな現象が起こった（設定の残留？）
　　　インストールしたばかりの時、実験としてXKBOPTIONS="ctrl:nocaps" を設定。うまく動作した
　　　その後、別の設定をしたくてXKBOPTIONS="ctrl:swapcaps" と書き直すもまったく効かない
　　　その過程でいろいろ弄ったせいか、/etc/defaulb/keybordの内容は初期値とまったく違うものになっていた
　　　新しい/etc/defaulb/keybordにはXKBOPTIONSが書かれていないにも関わらず、キーボードはnocapsの
　　　状態のままで標準の状態に戻らない

●解決策
dconf-editorをインストールし、org→gnome→desktop→input-sources→xkb-optionsと表示
ここに「カスタム値」として['ctrl:nocaps']が残っていた
この値を削除または一旦「デフォルト値を使用する」にスイッチするとようやっとすっぴんのキーボードに戻ってくれた

● setxkbmap -print > .xkb/symbols/mykbd　　← これらをカスタムして自動実行でキーマップを変更する方法
これも問題が出ました
この方法でちゃんと期待通りの動作をしてくれたのですが、件の「仮想コンソールを往復するとリセットされてしまう」
という症状が確認できました

●現在の実験
dconf-editorからカスタム値としてnocapsやswapcapsを指定するとキチンと動作し、
またここを書き換えるとほぼ即座に反映＋仮想コンソール往復にも影響が出ないことが
わかりました（まだ検証中）
現在、ここを利用して様々なキーマップの変更を行うのが順当ではないかと仮定しています

引き続き実験を続けます
なにかツッコミやヒント等ありましたらよろしくお願いいたします

ヒントに感謝です。 Gnome Tweaks を導入しました。
とりあえずキーボード関連のことに限定して進めています

Gnome Tweaks にはいくつかのプリセットされた設定があり、簡単にそれらを効かせることができますね
例えば「CtrlとCaps_Lockを入れ替える」はctol:swakcapsのことだと思うんですが、これを有効にした後に
dconf-editorをのぞいてみると['ctrl:swapcaps']が入っており、動作+仮想コンによる解除なしである
ことを確認いたしました。
自分が確認した範囲なので間違いかもしれませんが、機能の内容(Gnome Tweaksでの表記)とコマンド(ctrl:swapcaps等）が
わかっていれば、どちらを使っても同じ状態になるのではと思います

ちなみに
これら設定は setxkbmap -print に即座に反映されることがわかりました。
ctrl:swapcaps設置　→　xkb_symbols   { include "pc+jp+us:2+inet(evdev)+ctrl(swapcaps)"      };
ctrl:swapcaps解除　→　xkb_symbols   { include "pc+jp+us:2+inet(evdev)"      };

どこかに設定が記憶なされているのだろうと探しましたが見つけることができませんでした。
日付を頼りに探した結果、~/.config/dconf/ 以下にピッタリなファイルを見つけたのですが、
内容はバイナリとなっており、読んだり編集したりはむずかしいようです

※浅く検索しただけの情報ですが、gnome(gtk3）はクロスプラットフォームを目指したため
　あらゆるOSでも設定等が共有できるようにWindowsのレジストリに近い構造の設定ファイルを
　採用しているなる話を見つけました。これが本当だとすると、エディタでチョイチョイという
　方法が使えないためキチンと専用のコマンドなりで設定を行うべく勉強する必要があることになりますね
　（教えていただいたgetsettings等がそれにあたるっぽいですね）

この検証中に仮定が少し進みました
setxkbmap -printによる表記はキチンと効き、また、dconfやGnome Tweakとも連携しています。
また、ここに記載された設定や効果は仮想コン往復にも影響されません
/etc/defaulb/keybordや.xkb/symbolsによる設定は一時的には効いてくれますが、効いている場合でも
setxkbmap -printには表示されません。（表示されない設定は仮想コン往復で消えてしまう）
もしや仮想コンソールから復帰した時というのは
　×　設定が消えてしまう
　〇　setxkbmap -printの内容に従って再設定される
なのではないかと思い始めました


まだ仮定段階ですが、どうすれば効き、どうすれば消えてしまうのかをあぶりだすことができたようです
以降この仮定を前提に検証を進めていきます
以降自分は
　・setxkbmap -printに表記される他の設定（pcやjpやus:2等）の意味、変更した場合の状態
　・そもそもpcやらjpやらは誰がどこで設定し、どこに記憶されているのか
　・CUI起動をした場合の状態
　・gnome以外の環境ではどうなるのか
を検証しながら勉強していく予定です


なお、このスレッド？のタイトル（仮想コン往復による設定消失）に関しては上記通り
「こうすれば起こらないっぽい」というところまで見つけることが出来たかなと思い始めたので
話題を閉じたほうがいいかなと考えておりますが、ご指摘やヒント等ございましたら是非


長文申し訳ありませんでした。ありがとうございました。