進展がありました。
KVMが故障していました。
交換して症状はだいぶ和らぎました。
それでもWebブラウザを使うと2割位挙動を起こします。

あとに続く者のためにKVMが壊れたときの症状を書いておきます。
・起動後、ubuntuの画面が出ているときに激しく点滅する（テキストと画像が交互に出ている）。
・マウスのクリック（左右）が反応しない。
・マウスのドラッグができない。
・キーボード入力で入力した文字が消える（文字を入力しながらBSキーを押されている感じ）。→テキストエディター、Webブラウザなどのテキスト欄のあるもの全て。
・twitterの入力画面で入力するとフリーズする。→Webブラウザかtwitter画面を閉じないと直らない。
・twitterで文字入力が失敗すると画面全体が点滅しながら2〜5画面ほど前へ戻る。
・かな入力ができなくなる。→日本語（Mozc）が画面から消える。

※どの症状（起動時とtwitterのフリーズ以外）もgeditを起動し閉じると症状が70%の確率で直る。