Windows 10でUbuntuをインストールしているというのはWindows上の仮想マシンですか？

iyhoovipさん

お返事ありがとうございます。はい、そうだと思います。

matsu1129 による投稿:

siさん

お返事ありがとうございます。やはりメモリが足りないのでしょうか。まずはicpcでコンパイルする必要がありますね。今現在、icpcのダウンロードに苦戦中です。当方プログラミング及びlinux系は初心者なので何をダウンロードしていいのやら。。。

指定の記事はEntry is not foundとなり見れなかったです。siさんは見れますか。

Intel toolkit download page:
https://www.intel.com/content/www/us/en/developer/tools/oneapi/toolkits.html#gs.5s6txs
無償で使えるようです。

下記ページ見れませんか？
hatenablogの記事は、少々、古いですが、見れますよ。
https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2018/01/02/014814
https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2

si による投稿:

matsu1129 による投稿:

siさん

お返事ありがとうございます。やはりメモリが足りないのでしょうか。まずはicpcでコンパイルする必要がありますね。今現在、icpcのダウンロードに苦戦中です。当方プログラミング及びlinux系は初心者なので何をダウンロードしていいのやら。。。

指定の記事はEntry is not foundとなり見れなかったです。siさんは見れますか。

Intel toolkit download page:
https://www.intel.com/content/www/us/en/developer/tools/oneapi/toolkits.html#gs.5s6txs
無償で使えるようです。

下記ページ見れませんか？
hatenablogの記事は、少々、古いですが、見れますよ。
https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2018/01/02/014814
https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2

siさん

oneAPI Base Toolkitのダウンロードのselect distributionはAPT　Package Managerでいいでしょうか。
chatGPTによると

APT Package Manager:

DebianやUbuntuなどのディストリビューション向けのパッケージマネージャを使用してインストールします。
apt-getコマンドなどが使用されます。

”apt-getコマンドなどが使用されます。”というのがよくわかりません。

si による投稿:

APT　Package Managerを選択すると、
Prerequisites for First-Time Users
の見出しで、初期設定のやり方が書かれています。
ページをよく読み試してください。

参照記事が見れないのは、そちらの環境の問題かと思いますので
チョット、わかりません

siさん

アドバイスありがとうございます。頑張ってみます。

こんな記事がありました。

Running bwa vs bwa-mem2 – Oyat consulting
https://oyat.nl/bwa2/

...
bwa-mem2 needs 9 times more memory: 51,5GB while bwa needs 5.7GB. While bwa runs fine on a solid laptop, bwa-mem2 will not run on an average laptop or desktop.
...
Chromeでの翻訳
...
bwa-mem2 は 9 倍のメモリ (51,5 GB) を必要としますが、bwa は 5.7 GB を必要とします。bwa は堅実なラップトップでは正常に動作しますが、bwa-mem2 は平均的なラップトップやデスクトップでは動作しません。
...

elliptic による投稿:

こんな記事がありました。

Running bwa vs bwa-mem2 – Oyat consulting
https://oyat.nl/bwa2/

...
bwa-mem2 needs 9 times more memory: 51,5GB while bwa needs 5.7GB. While bwa runs fine on a solid laptop, bwa-mem2 will not run on an average laptop or desktop.
...
Chromeでの翻訳
...
bwa-mem2 は 9 倍のメモリ (51,5 GB) を必要としますが、bwa は 5.7 GB を必要とします。bwa は堅実なラップトップでは正常に動作しますが、bwa-mem2 は平均的なラップトップやデスクトップでは動作しません。
...

ellipticさん

今のパソコンのスペックではbwa-mem2は厳しいのかもしれないですね。bwaを使うべきなのかなと思っています。

elliptic による投稿:

#13 matsu1129 による投稿:

$ free -h
               total        used        free      shared  buff/cache   available
Mem:           7.7Gi       436Mi       6.9Gi       2.0Mi       329Mi       7.0Gi
Swap:          2.0Gi          0B       2.0Gi

のように表示されました。

RAMを16GB積んでいても、Ubuntuが使えるのは7.7GB+2.0GBだけです。
bwa-mem2の使用例には100GBクラスが並んでいるのと比べると少ないだろうと思います。

デスクトップ向けソフトウェア/intelのoneAPI Base ToolkitをAPTパッケージマネージャーでダウンロードしようとしましたがうまくいきません

#9 matsu1129 による投稿:

どうやらbwa-mem2自体が私のパソコンスペックでは厳しそうなのでbwa-memをインストールしてマッピングを行おうかと思うのですが何か不都合があるでしょうか。私の懸念材料としては、現在使用している参考書がbwa-mem2を使用することを前提に書かれているようなのでbwa-memで実行していくと不具合が生じてしまわないかということです。

念のため確認しておくと、比較しているソフト名は bwa-memではなくbwaです。
コマンドオプションにメソッド名memをつけて使います。

Burrows-Wheeler Aligner
https://bio-bwa.sourceforge.net/

前に触れた比較記事によると、bwa memと bwa-mem2 memで同一内容のSAMファイルが出力されるそうです。
...
Is the output of bwa and bwa-mem2 the same?
Yes, bwa-mem2 is a plugin replacement for bwa. This is can be checked with

bwa mem -K 10000000 -t 8 hs38DH_phix.fasta  yourfastq_1.fastq yourfastq_2.fastq > bwa.sam
bwa-mem2 mem -K 10000000 -t 8 hs38DH_phix.fasta  yourfastq_1.fastq yourfastq_2.fastq >bwa2.sam
diff bwa.sam bwa2.sam

diff will give one line of output that is different: the name and version of the aligner program is different. As expected!
...

ellipticさん

休暇中につきお返事遅くなり申し訳ありませんでした。

bwa-mem2の使用例には100GBクラスが並んでいるのと比べると少ないだろうと思います。
＞bwa-mem2で使う100GBクラスとはFASTQファイルのサイズでしょうか。

念のため確認しておくと、比較しているソフト名は bwa-memではなくbwaです。
コマンドオプションにメソッド名memをつけて使います。
＞ご指摘ありがとうございます。理解できていませんでした。bwaとbwa-mem2でmemはコマンドオプションなのですね。

bwa memと bwa-mem2 memで同一内容のSAMファイルが出力されるそうです。
＞ということはbwa memを使っても処理速度が違うだけでbwa-mem2と同じと考えていいのでしょうか。

ellipticさん

お返事ありがとうございます。

さすがに16Gでは無理そうなのでbwaで行うことを検討してみます。

elliptic による投稿:

JG.fa HG005_Son.R1.fastq.gz HG005_Son.R2.fastq.gz son.sam 等のファイル名を検索して、下記のPDFにたどりつきました。

Next-generation sequencing analysis with a population-specific reference genome
https://www.biorxiv.org/content/biorxiv … 7.full.pdf

matsu1129さんのやろうとしていることは、8ページめのアラインメントを自分のパソコンで実行してみようとしている、であってますか?
もし、使用しているゲノムデータがこの文書と同一ならば、インデックス作成に70GBのRAMを使用すると書かれています。

1. Alignment
The process of creating a bwa-mem2 index used approximately 70 GB of RAM. Output files
are available at https://doi.org/10.5281/zenodo.7567194 for the following procedure if it is
difficult to perform this process.

インデックス作成を自分のPCで実行してますか?
それとも、作成済みファイルをダウンロードしてますか?

ellipticさん

お返事ありがとうございます。

matsu1129さんのやろうとしていることは、8ページめのアラインメントを自分のパソコンで実行してみようとしている、であってますか?
＞はい、合ってます。

もし、使用しているゲノムデータがこの文書と同一ならば、インデックス作成に70GBのRAMを使用すると書かれています。
＞インデックスを作成しようとしたらOOM（メモリ不足）になったので、作成済みのファイルをダウンロードしています。