si による投稿:

matsu1129 による投稿:

$ wget -O- https://apt.repos.intel.com/intel-gpg-keys/GPG-PUB-KEY-INTEL-SW-PRODUCTS.PUB \ | gpg --dearmor | sudo tee /usr/share/keyrings/oneapi-archive-keyring.gpg > /dev/null
--2024-03-13 16:09:37--  http://%20/
Resolving   ( )... failed: Name or service not known.
wget: unable to resolve host address ‘ ’

wget コマンド中の、赤文字 \ （バックスラッシュ）が余分で、スペース文字に反応し
color=red]  http://%20/[/color]
にアクセスしようとして、
wget: unable to resolve host address ‘ ’　
となるようにみえるので
\ を削除してみては？

> コマンドプロンプトが表示されません
Ctrl-C で強制終了

siさん

アドバイスありがとうございます。強制終了し、バックスラッシュを消して実行してみたところ

$ wget -O- https://apt.repos.intel.com/intel-gpg-keys/GPG-PUB-KEY-INTEL-SW-PRODUCTS.PUB | gpg --dearmor |
sudo tee /usr/share/keyrings/oneapi-archive-keyring.gpg > /dev/null
--2024-03-14 14:44:03--  https://apt.repos.intel.com/intel-gpg-keys/GPG-PUB-KEY-INTEL-SW-PRODUCTS.PUB
[sudo] password for ○○○: Resolving apt.repos.intel.com (apt.repos.intel.com)... 184.26.175.215, 2600:140b:1c00:586::a87, 2600:140b:1c00:5bf::a87
Connecting to apt.repos.intel.com (apt.repos.intel.com)|184.26.175.215|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 4738 (4.6K) [application/vnd.exstream-package]
Saving to: ‘STDOUT’

-                             100%[=================================================>]   4.63K  --.-KB/s    in 0s

2024-03-14 14:44:03 (1.34 GB/s) - written to stdout [4738/4738]

と表示され、コマンドプロンプトが表示されない状態です。

また強制終了した際には

sudo: a password is required

という行が表示された後にコマンドプロンプトが表示されました。これも何かエラーと関係があるのでしょうか。

追記
コマンド完了したかは、下記ファイルの存在確認してください
/usr/share/keyrings/oneapi-archive-keyring.gpg

matsu1129 による投稿:

si による投稿:

追記
コマンド完了したかは、下記ファイルの存在確認してください
/usr/share/keyrings/oneapi-archive-keyring.gpg

siさん

お返事ありがとうございます。確認しましたがそのようなファイルはないです。やはり完了はしていないようです。

siさん

/dev/null　でログが破棄されているから残らないのかなと思ったんですがどうでしょうか。

si による投稿:

パッケージ管理に必要な gpg キーをダウンロードするコマンドですので、
キーが無いと先に勧めません。
tee コマンドは、ファイルと標準出力に出力します。

siさん

お返事ありがとうございます。どうやらbwa-mem2自体が私のパソコンスペックでは厳しそうなのでbwa-memをインストールしてマッピングを行おうかと思うのですが何か不都合があるでしょうか。私の懸念材料としては、現在使用している参考書がbwa-mem2を使用することを前提に書かれているようなのでbwa-memで実行していくと不具合が生じてしまわないかということです。

si による投稿:

随分と回り道させてしまったようですね
じっくり検索してみると、Intel コンパイラでビルド済みのバイナリーがあるようです
一般ユーザはこちらを使うよう推奨されているみたいです
リリースページ： https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2/releases

siさん

アドバイスありがとうございます。休暇中であり、お返事遅くなり申し訳ありませんでした。

引用して頂いたページを拝見させていただいたのですが、何をダウンロードしていいのか分からないです。
Intelコンパイラでビルド済みのバイナリーがあるとはどういう意味でしょうか。

si による投稿:

matsu1129 による投稿:

si による投稿:

随分と回り道させてしまったようですね
じっくり検索してみると、Intel コンパイラでビルド済みのバイナリーがあるようです
一般ユーザはこちらを使うよう推奨されているみたいです
リリースページ： https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2/releases

siさん

アドバイスありがとうございます。休暇中であり、お返事遅くなり申し訳ありませんでした。

引用して頂いたページを拝見させていただいたのですが、何をダウンロードしていいのか分からないです。
Intelコンパイラでビルド済みのバイナリーがあるとはどういう意味でしょうか。

リリースページ： https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2/releases
へ行き
bwa-mem2-2.2.1_x64-linux.tar.bz2
をダウンロード、展開すると、実行可能な bwa-mem2 を含むディレクトリが作成されます

$ ls bwa-mem2-2.2.1_x64-linux
LICENSE  README-ori.md  bwa-mem2      bwa-mem2.avx2      bwa-mem2.sse41
NEWS.md  README.md      bwa-mem2.avx  bwa-mem2.avx512bw  bwa-mem2.sse42

siさん

お返事ありがとうございます。

bwa-mem2-2.2.1_x64-linux.tar.bz2
をダウンロード、展開すると、実行可能な bwa-mem2 を含むディレクトリが作成されます。
＞ダウンロード、展開はコマンドで行わないといけないでしょうか。

si による投稿:

MS-Windows 上の WSL でしたね
ダウンロードは、ブラウザでできるでしょうから、ダウンロードしたファイルを Ubuntuのホームに移し
展開は下記参照してみてください
tar.bz2ファイルを解凍して展開するには: https://www.linuxmaster.jp/linux_skill/2008/07/tarbz2.html#google_vignette

もしくは、Ubuntu 上で
wget https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2/releases/download/v2.2.1/bwa-mem2-2.2.1_x64-linux.tar.bz2
でダウンロードし、そして展開

siさん

お返事ありがとうございます。はい、WSLです。コマンドまで提示していただき本当にありがとうございます。

wget https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2/releases/download/v2.2.1/bwa-mem2-2.2.1_x64-linux.tar.bz2

ダウンロードした後はtarコマンドで展開でしょうか。
$ tar xvfj bwa-mem2-2.2.1_x64-linux.tar.bz2
というコマンドであってますでしょうか。

siさん

お返事ありがとうございます。
ダウンロード、展開は既にあるbwa-mem2のディレクトリにした方がいいですか。

$ ~/variant_call/tools/bwa-mem2-2.2.1_x64-linux/bwa-mem2 mem -R "@RG\tID:son\tPL:Illumina\tLB:son" ~/variant_call/materials/JG.fa ~/variant_call/materials/HG005_Son.R1.fastq.gz ~/variant_call/materials/HG005_Son.R2.fastq.gz >~/variant_call/intermediate/son.sam
Looking to launch executable "/home/matsuo/variant_call/tools/bwa-mem2-2.2.1_x64-linux/bwa-mem2.avx2", simd = .avx2
Launching executable "/home/matsuo/variant_call/tools/bwa-mem2-2.2.1_x64-linux/bwa-mem2.avx2"
-----------------------------
Executing in AVX2 mode!!
-----------------------------
* SA compression enabled with xfactor: 8
* Ref file: /home/matsuo/variant_call/materials/JG.fa
* Entering FMI_search
* Index file found. Loading index from /home/matsuo/variant_call/materials/JG.fa.bwt.2bit.64
* Reference seq len for bi-index = 6134440547
[fread] Unexpected end of file

このような実行結果になりました。やはりメモリ不足なのでしょうか。

si による投稿:

> [fread] Unexpected end of file
で検索すると、bwa-mem絡みの質問が散見されます。
そのページを読み込み、入力ファイルなどに間違いがないのかをチェックし、問題がないようであれば、
WSLへの割当メモリとSWAPサイズを大きくしてみては？
参照： https://fungineer.net/wsl2-memory-setting/

siさん

お返事ありがとうございます。現在私の使用しているパソコンのスペックではbwa-mem2を動かすのは厳しそうなのでbwaを使ってみようかと考えています。