matsu1129 による投稿:

ERROR! Unable to open the file: /home/inf/Documents/○○○/materials/JG.fa.bwt.2bit.64

ファイルは有るのか？
権限は有るのか？

は確認しましたか？

siさん

よく確認してみるとJG.fa.bwt.2bit.64というファイルがありませんでした。
siさん

再度実行してみると

$ ~/Documents/matsuo/bwa-mem2/bwa-mem2 mem -R "@RG\tID:son\tSM:son\tPL:Illumina\tLB:son" ~/Documents/○○○/materials/JG.fa ~/Documents/○○○/materials/HG005_Son.R1.fastq.gz ~/Documents/○○○/materials/HG005_Son.R2.fastq.gz >~/Documents/○○○/intermediate/son.sam
Looking to launch executable "/home/inf/Documents/○○○/bwa-mem2/bwa-mem2.avx", simd = .avx
Launching executable "/home/inf/Documents/○○○/bwa-mem2/bwa-mem2.avx"
-----------------------------
Executing in AVX mode!!
-----------------------------
* SA compression enabled with xfactor: 8
* Ref file: /home/inf/Documents/○○○/materials/JG.fa
* Entering FMI_search
* Index file found. Loading index from /home/inf/Documents/○○○/materials/JG.fa.bwt.2bit.64
* Reference seq len for bi-index = 6134440547
[fread] Unexpected end of file

となりました。RAMが16Gのパソコンでも同様のエラーが出たので３２Gのパソコンで試しているのですが結果は同じでした。メモリ不足でしょうか。

JG.faに対して  bwa-mem2 indexを行うと
JG.fa.0123
JG.fa.amb
JG.fa.ann
JG.fa.bwt.2bit.64
JG.fa.pac
のファイルが作成されます。

ファイル JG.fa.bwt.2bit.64がエラーになるのは、
アライメントの問題ではなく、その前の段階で
インデックス作成に失敗してます。


#1ではJG.fa.bwt.2bit.64が読み込めず、
#4では少し読めるけれども長さが足りてないようです。
この間に何をしましたか?
bwa-mem2 indexを行ったならその時に
エラーは発生していませんか?
JG.fa.bwt.2bit.64のファイルサイズは何バイトありますか?

elliptic による投稿:

JG.faに対して  bwa-mem2 indexを行うと
JG.fa.0123
JG.fa.amb
JG.fa.ann
JG.fa.bwt.2bit.64
JG.fa.pac
のファイルが作成されます。

ファイル JG.fa.bwt.2bit.64がエラーになるのは、
アライメントの問題ではなく、その前の段階で
インデックス作成に失敗してます。


#1ではJG.fa.bwt.2bit.64が読み込めず、
#4では少し読めるけれども長さが足りてないようです。
この間に何をしましたか?
bwa-mem2 indexを行ったならその時に
エラーは発生していませんか?
JG.fa.bwt.2bit.64のファイルサイズは何バイトありますか?

ellipticさん

ご返答ありがとうございます。
#1ではJG.fa.bwt.2bit.64が読み込めなかったのは、JG.fa.bwt.2bit.64が存在していませんでした。

bwa-mem2　indexでは多くのRAMとストレージを必要とするので、https://doi.org/10.5281/zenodo.7567194の全ダウンロードをmaterials内に配置することで実行結果の代用にしました。インデックスファイルとしてこのurlのサイトのJG.fa.0123、JG.fa.amb、JG.fa.ann、JG.fa.bwt.2bit.64、JG.fa.pacをダウンロードしました。