subzero による投稿:

matsu1129 による投稿:

一部抜粋
~/Documents/○○○/tools/gatk-4.5.0.0

$ ./gatk-4.5.0.0/gatk

上記は、カレントディレクトリがgatk-4.5.0.0で

コード:

./gatk-4.5.0.0/gatk

というコマンドを打ったという事とは違うのでしょうか。

コード:

~/Documents/○○○/tools/gatk-4.5.0.0/gatk-4.5.0.0/gatk

というように、ディレクトリgatk-4.5.0.0の下に同名のディレクトリgatk-4.5.0.0があるようなコマンドを打ってしまっているのではないでしょうか。

subzeroさん

回答いただきありがとうございます。ご指摘の内容を踏まえて以下のように実行してみましたがエラーが出てしまいました。

(gatk) inf@inf-PowerEdge-T110-II:~/Documents/○○○/tools/gatk-4.5.0.0$ ./gatk PreprocessIntervals \ -R Homo\sapiens_assembly38.fasta \ --padding 0 \ -L Tutorial11684/gcnv-chr20XY-contig.list \ -imr OVERLAPPING_ONLY \ -O chr20XY.interval_list

A USER ERROR has occurred: Illegal argument value: Positional arguments were provided ', -R{Homosapiens_assembly38.fasta{ --padding{0{ -L{Tutorial11684/gcnv-chr20XY-contig.list{ -imr{OVERLAPPING_ONLY{ -O{chr20XY.interval_list}' but no positional argument is defined for this tool.

***********************************************************************
Set the system property GATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION (--java-options '-DGATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION=true') to print the stack trace.

subzero による投稿:

matsu1129 による投稿:

(gatk) inf@inf-PowerEdge-T110-II:~/Documents/○○○/tools/gatk-4.5.0.0$ ./gatk PreprocessIntervals \ -R Homo\sapiens_assembly38.fasta \ --padding 0 \ -L Tutorial11684/gcnv-chr20XY-contig.list \ -imr OVERLAPPING_ONLY \ -O chr20XY.interval_list

上記のコマンドですが、

コード:

(前略）$ ./gatk PreprocessIntervals \
-R Homo_sapiens_assembly38.fasta \
--padding 0 \
-L Tutorial11684/gcnv-chr20XY-contig.list \
-imr OVERLAPPING_ONLY \
-O chr20XY.interval_list

というように、各バックスラッシュ（\）の後は何も入力せずに、すぐにリターンキーを叩いて折り返していますでしょうか？また、恐らく、-R Homo\sapiens  の部分は -R Homo_sapiensの間違いでは無いかと思います。各引数についてもう一度良く確認された方が良いと思います。

subzeroさん

ご返答ありがとうございます。バックスラッシュを消して各相対パスを絶対パスにしたところうまくいきました。またご指摘の通り -R Homo_sapiensの間違いでした。ありがとうございました。