他のGNOMEアプリとは挙動が違ってしまっていますから、Nautilusのバグっぽいですね。
これの回避方法はいくつかありますが、どれも微妙です。
１つ目はprairieさんが示されている方法で、これが割と良さそうな感じはします。
２つ目は環境変数を追加する方法ですが、挙動がおかしいですし、他のアプリも同じ挙動になってしまいますので、やらないほうが良いかも。
そして、３つ目はIBusをやめてFcitx5にする。Fcitx5であれば違和感なく使用できますが、IBusはGNOMEの一部でもあるのでIBusの使用が望まれますよね。ですが、環境が汚れても構わないということであれば、これが一番良いのかもしれません。

Fcitx5の利用に関してはネット上にたくさんあると思いますのでそちらに任せるとして、２つ目の環境変数の追加方法だけを記します。
隠しディレクトリーの「.config」内に「environment.d」ディレクトリーを作成して「ほにゃらら.conf」（「ほにゃらら」の部分は適当な名前にしてください）ファイルを作成し、ファイル内に下記を書き込んでください。

GTK_IM_MODULE=ibus

保存してシステムを再起動（ログアウトでは駄目です）させれば入力できるようになります。
試すとわかりますが、変換を確定したときに「なんだこれはーーーーー！」となることでしょう。そのときは「ほにゃらら.conf」ファイルを削除してシステムを再起動……