ATコマンドでって書こうとしたら、shutdown コマンドで時間指定できるんですね。
知らなかった＞＜
ということで、

sudo shutdown -h +60

とすれば60分後にシャットダウンされるみたいです。
時間指定の詳しい方法については、man shutdownして確かめてください。
日本語のマニュアルが入っていない場合は、

sudo apt-get install manpages-ja

とすれば日本語のmanpageがインストールされます。

Amarokで音楽を聴いている場合、nightIMPgaleというプラグインがあります。
これがばっちりオススメでしょう。細かなシャットダウンメニューから選択できます。