ffmpeg ではダメですか？
　以下のコマンドラインで変換してみて OK でしたが。

$ ffmpeg -i Girl-with-Flaxen-Hair.mp3 -acodec libfaac -ar 44100 -ab 128k Girl-with-Flaxen-Hair.aac

　mp4 コンテナにこだわるなら aac を mp4 にすればおしまいです。

　注意点としては Medibuntu の ffmpeg を使うようにしてください。
  Medibuntu のリポジトリの追加方法はhttps://help.ubuntu.com/community/Medibuntuに書かれています。