GNOMEの「アプリケーション」を右クリックしてメニューの編集から追加できると思います。
手元の環境で開いたところ、「アプリケーション」＞「インターネット」のなかにありました。
Epiphany ウェブ・ブラウザに関してはチェックがすでについていますが、一度チェックを外した後で、
もう一度チェックするとメニューにも現れると思います。