trash-cli を使ってコマンドラインからKDEやGNOMEのゴミ箱を扱います。
つまりコマンドラインからでもファイルをいきなり削除するのではなく、一旦ゴミ箱に入れるという事が可能になります。

インストール
・・・intrepid の場合

sudo apt-get install trash-cli

・・・8.04 の場合
　こちらからファイルをダウンロードし,展開してそのディレクトリに移動。以下を実行します。

sudo python setup.py install

ファイルを削除する
　削除されたファイルはゴミ箱へと移動します。

trash ファイル名

ゴミ箱の中身を見る

list-trash

ゴミ箱からファイルを復活させる

restore-trash

　実行すると以下のよう選択画面が表示され、復活させたいファイルの番号を入力します。復活させたファイルはちゃんと元の場所に戻っています。

     0 2008-10-03 19:19:22 /home/foo/Desktop/po_dpkg-ja.po.org
     1 2008-10-06 15:02:23 /home/foo/Desktop/1222662276502.jpg
     2 2008-10-03 19:19:22 /home/foo/Desktop/po_dpkg-ja.po
     3 2008-10-07 13:13:49 /home/foo/trash-test
    What file to restore [0..3]: 3

ゴミ箱を空にする

empty-trash

指定した日数以前のファイルをゴミ箱から削除する

empty-trash 日数

　指定した日数以前のファイルをゴミ箱から削除します。

rm と置き換える
　~/.bashrc に

alias rm='trash'

と追記し、

source ~/.bashrc

として即反映させます。
　以降 rm と打てば trash コマンドが実行されます。

参照
・http://code.google.com/p/trash-cli/
・http://ubulog.blogspot.com/2008/10/ubuntu.html