wineはインストールしていませんので正確なファイル名は分かりませんが、たぶんwine.desktopが~/.local/share/applications/にあると思いますので、このファイルを削除すれば元に戻ります。

wineはsynapticパッケージマネージャーでまたインストールしたんですよね？インストール済みのマークはついてますよね？
システム＞設定＞メインメニュー　　でみるとwineのチェックがはずれたりしてませんか？

DeathBIOS による投稿:

｢システム→設定→メインメニュー｣で確認しましたがWineの項目はありませんでした。
試しに新しいアカウントを作成してメニューを見てみるとWineの項目が有りました。
今のアカウントで表示するにはどうすれば・・・

今のアカウントというのがよくわからないんですが、確かにwineはインストールされてるんですね？

wineをインストールして試してみました。
~/.config/menus/applications.menuを編集すれば元に戻ります。
下記の行を削除。
        <Menu>
                <Name>wine-wine</Name>
                <Deleted/>
        </Menu>