Sinkさん
メニューのシステムツールにある「設定エディタ」の
「apps>nautilus>preferences」の項目の中にある「desktop_is_home_dir」に
チェックが入っているのではないでしょうか。
そのチェックを外すとデスクトップディレクトリの内容が表示されるようになります。
（私の場合、なぜかその場では反映されませんでしたがログアウトして再度ログインしなおすとOKでした）

＊「設定エディタ」が見あたらない場合は「システム＞設定＞メインメニュー」から表示するようにしてください。

1)$HOME/.config/user-dirs.dirsをエディタで開く。※1
2)XDG_なんとか_DIRというキーに対する値が、希望のディレクトリ(存在するディレクトリ)を指し示すように編集し保存。
3)再度ログイン。<- 重要！

で直ると思いますよ。

※1 .configは隠しディレクトリなので、「隠しファイルを表示する」にチェックONが必要。

以下は私なりの考察です。

想像ですが、この現象が起きたのは、$HOME/デスクトップを削除したからでは？
それをやると、$HOMEがデスクトップに表示されてしまう現象が、他のブログ記事などにも散見されます。

user-dirs.dirs内で定義されているXDG_DESKTOP_DIR、XDG_DOWNLOAD_DIRは確か初期値が”$HOME/デスクトップ"なので、デスクトップのディレクトリを誤って削除してしまうと、次回ログイン時にそれら値を”$HOME/"に自動的に書き換える動きをしますね(それが何故かは私には分かりません)。その結果、デスクトップに$HOMEの内容が表示されてしまうのでしょう。

# 以上の事は、仮想環境上のUbuntu8.04で実験して、再現を確認しています。