8.10 のリポジトリにもSJIS対応unzipはあります。そちらはインストールされていますか？
具体的なバージョンはunzip_5.52-11ubuntu1.1ja1になります。
8.04のunzipのバージョンが5.52-10ubuntu2.1ja1ですので、8.10アップグレード時に本家の5.52-11でアップグレードされてしまっているように思います。

自分はeeeUbuntu 8.10なんですが、同じ現象です。

unzipコマンドでは正常に日本語のファイル名になってくれますが、
書庫マネージャだと文字化けします。
8.04の頃は書庫マネージャでもShift_JISを認識していたように思います。

バージョンは
unzip 5.52-11ubuntu1.1ja1
file-roller 2.24.1-0ubuntu2
です。

VMwareで8.10日本語Remixを入れてみたところ、インストール＆アップデート直後では文字化けしてませんでした。
そして、7zipを入れた瞬間にfile-rollerで文字化けするようになりました。
入れたのはp7zip-full 4.58~dfsg.1-1です。

とりあえず7zipを消せば文字化けしなくなるけど、うーん……

p7zip と p7zip-full のパッケージを見てみると、以下のように説明が書いてあります。p7zip-full をインストールすると、zip の解凍に p7zip-full が使われてしまい、結果として文字化けするんじゃないでしょうか。

p7zip provides: - /usr/bin/7zr a standalone minimal version of the 7-zip tool that only handles 7z archives. 7z compression is 30-50% better than ZIP compression. - /usr/bin/p7zip a gzip like wrapper around 7zr.

p7zip-full provides: - /usr/bin/7za a standalone version of the 7-zip tool that handles 7z archives (implementation of the LZMA compression algorithm) and some other formats. - /usr/bin/7z not only does it handle 7z but also ZIP, Zip64, CAB, RAR, ARJ, GZIP, BZIP2, TAR, CPIO, RPM, ISO and DEB archives. 7z compression is 30-50% better than ZIP compression.
.

file-rollerのバージョンが上がってzipなファイルを7zコマンドでも扱えるようにしたため、なようです。

file-rollerのソースを覗くと結構簡単にunzipの優先度は変えられそうですが、決め打ちされているようなので設定で変えることは出来ないっぽいです。

ソースを弄ってでも、という場合はmain.cの515行目辺りを弄れば何とかなりそうです。