/usr/share/emacs22/site-lisp/anthy（/usr/share/emacs/22.1/site-lisp/anthy）の下あたりに何かいるはずです。
これはM-x descrive-variableして、load-pathの中身を見ればわかります（dpkg -l anthy-elでもいいですが）。

これらはelcですが、生のファイルは/usr/share/emacs/site-lisp/anthy/以下にあります。

弄るのは面倒なので、これらをコメントアウトするよりは、
・anthy-elをremoveする
・不要な設定の一部を適宜無効にする
方がいいと思います。

Emacsの勉強も兼ねるなら、Anthy関連で無効にしたい設定が何かを明確にして、それを無効にしていく方がいいんじゃないかなと思います。

hitoさん、yamaさん

早速のご返信ありがとうございました。
yamaさんのおっしゃるとおり、共存できるんだと思うのですが、どういう設定がされていか、分からない状態で使うのに少し抵抗があったのと、自分の勉強にと思って投稿させていただきました。

hitoさんのおっしゃるように、load-path の一覧を出して、怪しそう（？）なやつを辿ってみたら、/etc/emacs/site-start.d/ の中に、50anthy-el.elとか、50ddskk.el などがあって、ここで設定がされていました（よって、~/.emacs になにも設定しなくてもよかった）。　

からくりが分かったのですっきりしました。　ありがとうございました。