nobuchan さん、その後 どうですか？

私の所では現象は再現できなかったです。

私が行った手順は以下のような感じです。

1. $ sudo apt-get install twiki apache2
した際に、パッケージの設定はそのままデフォルトのままEnter押下で、adminのパスワードは設定。
2. localhostにてブラウザを立ち上げ、http://localhost/twiki/ にアクセス。
3. 画面左下のSandboxのリンクをクリック。
4. 「Create TestTopic ###」ボタンをクリック。
パスワードを聞かれるので、adminユーザとそのパスワードを入力。
6. 画面下部の「Save」ボタンを押すと、「TestTopic0」が新規作成される。

nobuchan さんと同じく、/etc/apache2/conf.d/twiki.conf の
ScriptAlias /twiki/bin "/var/lib/twiki/bin" 行をコメントアウト->Apache再起動しても、正常に新規作成できました。

ただし、

http://localhost/twiki/bin/configureで、error/warningを潰す。
【詳細】を実行

が具体的に何を示すのか分からないので、これは私は試してないです。

2. http://localhost/twiki/bin/view/TWiki/WebHomeから、Register登録後、Loginすると、「Access Denind」になってしまう。

メールが飛ばないとRegister時に弾かれるので、これも試せれてないです。