同じハードウェアの方がレスしてくれると思いますが、同じチップセットでオンボードのRADEON HD 3200を使っている者としてご参考までに。

私はGA-MA78GPM-DS2H Rev.1.0を使用しているのですが、ubuntu9.04にしてからRADEONへの対応が良くなり、ATI/AMDプロプラエタリFGLRXドライバで問題なく動いています。（システム->システム管理->ハードウェア・ドライバ）

ubuntu8.10まではATIのドライバをダウンロードして使かわないと画面が乱れていたのですが、9.04になってからプロプラエタリで行けたので、ATIは導入していません。

私はHDMIで接続していないので的を得ないかも知れませんが、ATIのドライバに拘りがなければ、一度、ATIのドライバを削除してプロプラタリで試してはいかがですか？（メニューから削除できたと思う・・・）

同じくAMD780GオンボードのRADEON　HD 3200を使用していますが、マザーボードがASUS　M3A78－EMではATI/AMDプロプラエタリFGLRXドライバでは画面が乱れるようです。接続はDVIです。