私はよく分かりませんが内容を詳しく書いた方が返事が貰い安いですよ。
問題は　[Flashが再生されない]　ですよね。

・Ubuntuのバージョンと使っているブラウザは？

・「動画が見れないとこがあります」と言うことは時々再生されるのでしょうか、
　それは同じ形式のファイルでしょうか、他はOKだがFlashは再生できないと言うことでしょうか

・Flashのプラグインは入っていますか

・他に動画再生のプラグインは使われていますか

・再生するとどのようになるのでしょうか、動画が固まるのでしょうか、黒い画面のまま？その他。