システム → 自動起動するアプリ

上記のように進めば設定できるようです。

今、久々にGnome起動したら出てました。

すみません。
#3と#4は怪しいので、出来れば#2でお試し下さい。
優柔不断で申し訳ありません。

KDEならシステム設定ウィザードが開くのでそこで出来そうですが…。

お望みの状態になるかわかりませんが，設定エディタで
キー /desktop/gnome/session/required_components/filemanager
の値を nautilus から変更してみては？

あれ? いま場所からコンピューターから下をクリックしたら「Nautilus 2.26.2」が立ちがりました。
でもその上のホーム・フォルダー とかはDolphinが立ちがるようです。
まあ、どうでもいいけど(笑)

設定エディタで/desktop/gnome/session/required_components/filemanager
の値を"dolphin"に変更し再起動しましたが、結果は変わらずでした。
ここで設定できそうな感じがするんですけどねぇ。

同じく設定エディタで，
/desktop/gnome/applications/component_viewer/exec
/desktop/gnome/url-handlers/trash/command
の値を確認すると，
nautilus "%s"
になってますね．これでしょうか？
後者はゴミ箱を開くときに使用するコマンドでしょうか？

einundzwanzighundertsechsさん：
ダメですね。ここをdolphinにしてもNautilusが立ち上がりますね。

tncさん：
Kubuntu Desktopは一応入っています。
ただ、KDEのSystem Settingsから設定できるFile Managerという項目はあくまでも、
Window ManagerにKDEを使っている時の設定のような感じがします。
ここは既にDolphinになっていますので。
本当に、gnomeで場所メニューのホームフォルダを選択したらDolphinが立ち上げるのですか？

使っているのはgnomeです。
前のコメントでも書いている通り、gnomeからkdeのSystem Settingsを開いても、あくまでもウィンドウマネージャとしてKDEを使用している時の設定のようです。ここは既にDolphinになってますが、実際に立ち上がるのはNautilsですから。
それで、英語のサイトも探してみたら、
https://help.ubuntu.com/community/DefaultFileManager
こういうのを見つけました。
最初に質問をした時は、どこかにGUIで設定できるハズと思ってましたが、ここを見るとGUIではできないような感じですね…
とりあえず、これで解決しました。ありがとうございました。

今、Gnomeで立ち上げてみてWindow DecoratorをGTKとKDE4と両方試してみたのですが
どちらを使ってみても場所からメニューのホームフォルダを選択するとDolphinが立ち上がりました。
Window ManagerはCompizです。
私から提供できることはこれだけです。
参考になれば幸いです。

kochinさん による投稿:

https://help.ubuntu.com/community/DefaultFileManager
こういうのを見つけました。
最初に質問をした時は、どこかにGUIで設定できるハズと思ってましたが、ここを見るとGUIではできないような感じですね…
とりあえず、これで解決しました。ありがとうございました。

リンク先のスクリプト実行してはいませんよね？

変更がユーザレベルでなくシステムレベルなので私はお奨めできません．

また，

## This last bit I'm not sure should be included
## See, the only thing that doesn't change to the
## new Thunar default is clicking the files on the desktop,
## because Nautilus is managing the desktop (so technically
## it's not launching a new process when you double-click
## an icon there).

と，断りつつ，/usr/bin/nautilus を /usr/bin/thunar へのリンクに置き換えているのでちょっと乱暴ですね．

それは，デスクトップ上での挙動を nautilus から thunar に変更するため，
セッション開始時の nautilus起動を thunar に置き換えるための措置なのでしょうが，
多分 #7 のユーザレベルの変更で十分では？　と思います．

ただ，メニューの「場所」以下の挙動の変更するには， *.desktop ファイルを編集することになりそうですね．
「ホーム・フォルダ」メニューの挙動については，ユーザレベルでの変更に抑えるため，
/usr/share/applications/nautilus-home.desktop を ~/.local/share/applications/ にコピーして，

[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Name=Home Folder
Comment=Open your personal folder
TryExec=nautilus
Exec=nautilus --no-desktop
Icon=user-home
Terminal=false
StartupNotify=true
Type=Application
Categories=GNOME;GTK;Core;
OnlyShowIn=GNOME;
X-GNOME-Bugzilla-Bugzilla=GNOME
X-GNOME-Bugzilla-Product=nautilus
X-GNOME-Bugzilla-Component=general
X-Ubuntu-Gettext-Domain=nautilus

の TryExec, Exec を変更してみてはいかがでしょうか？

これで成功するようならば，他の「コンピュータ」メニュー等の挙動も
対応する /usr/share/applications/nautilus-computer.desktop をコピー＆編集でうまくいくのでは？

よく分かります。
自分の記憶では「昔はメニューにあったんだけどなぁ」という感じなんですけど、実はそれさえもeinundzwanzighundertsechsさん同様、表示を常態化させていただけなのかもしれませんし…。

GNOMEは重いからと、ただ敬遠していただけでしたので、「ファイルマネージャを変更する」なんてことに挑戦したことは無かったのですが、いじってみるとなかなかおもしろいですね。
ROX Filerのようなパーティションのマウントに難儀するファイルマネージャでも、パネルの「場所」から選択するだけで認証ダイアログが立ち上がり、認証すればROX Filerで開いてくれたりしますので。（ですが、元々GNOMEと連携しているアプリではないので自動マウントしたものは、マウント状態があべこべになったりします）

とりあえず、自分のためしてみた方法を載せてみます。（ちょっと危険なことをしているので、あまり試されない方が良いかな。ここではファイルマネージャとして「rox-filer」を使用しています）

1. 「*.desktop」ファイルの複製と編集
　einundzwanzighundertsechsさんが#21にて示されているように、「/usr/share/applications」から下記のファイルを「~/.local/share/applications」にコピーし、編集します（オプション設定などは適宜に）。
　・nautilus-folder-handler.desktop
　・nautilus-computer.desktop
　・network-scheme.desktop
　・nautilus-home.desktop（これが何に使われているのか謎です）
　これにより、パネルメニューの「場所」から選択するだけで、お望みのファイルマネージャが起動されます。

2. デスクトップを変更
　かなり大雑把なやり方をしていますので危険です。下手をするとnautilusの設定やGNOMEのセッションが破壊されかねません。
　とりあえず、こんな感じのスクリプト。（「sleep」を使えば多少はマシかな？）

#!/bin/sh
killall nautilus
rox-filer -p=ピンボード名 &

　これを自動起動のアプリとして登録。
　これでデスクトップが変更されます。


それから、このやり方ですと一つ試練が残されます。Ubuntuをクリーンインストールしたときに「ファイル操作が出来ない！」なんてことになりかねません。まぁ、これをやられる方には大した試練ではないでしょうけど…。

以上。ちょっとした遊びでした。（GNOMEはパーツパーツが依存しすぎていて融通が利きませんね。その割にはセッションやら設定やらが崩れやすいってのも…）

（※「gconf-editor」による「/desktop/gnome/session/required_components/filemanager」の有用性は分かりませんでした)