gconf-editorで、/apps/metacity/general/button_layout のキーが書き換え不能になった件が解決しましたので報告します。

原因は何かの操作ミスで、このキーがデフォルトになったためでした。 gconfのデフォルトキーの設定は、/etc/gconf/gconf.xml.mandatory/%gconf-tree.xml に記述されているので、このファイルを見ると button_layout しかなかったので思い切って削除しました。

　gconfデーモンが生きているとまずいらしいので、GUIをログアウトしてから端末セッションでログインしてrmコマンドで先のファイルを削除しました。

sudo rm /etc/gconf/gconf.xml.mandatory/%gconf-tree.xml

exit して再度ログインすると、gconf-editor で書き換え可能になりました。

petitbootangさん貴重なアドバイスありがとうございます。
まさにご指摘の箇所が問題だったようです。