うーん。手動で入れれば動くはずだと思ったのですが、だめでしたか。
timeoutをコメントアウトしてもGrubが固まるとのことなので、時間をとりにいっているところで止まるわけでもないようです。そうすると、なぜmenu.lstを読み込んだときと、そうでないときで挙動が変わるのか。。
すいませんが、やはり私の手には負えないようです。。