hir0さま、ありがとうございました。
色々やりましたが、わからないので最終的に再インストールしました。
画面、1400x1050や動画再生がコマ送りのどはなくなりました。
でも、インストール直後のままではグラフィックドライバが入ってないのでGoogle Earthなどソフトによっては、画面表示がおかしいです。
ソフト上でウインドウが開いてもその上に航空映像が必ず表示され見えません。(チカチカと点滅して見える時もある)
ATIの最新ドライバをダウンロード、インストールすると英語でのメッセージがでて起動しません。
WindowsXPでも最新ドライバが入らないので、ノートパソコンがおかしいのもかわかりません。
グラフィックドライバを入れないでもあまり支障がないので、Ubuntu9.04再インストールのまま当分の間使っていこうと思います。