視覚効果に対応しているはずのグラフィックスカードで、上手く compiz が有効に出来ない場合、下記を参考にしてみると良いかも知れません。
http://linuxsalad.blogspot.com/2007/04/blog-post_3498.html

私も普段使っている(今これを書いてる) PC で、たった今 9.04 をクリーンインストールしたところ、なぜか視覚効果が有効にならず、おかしいなぁと思いつつ検索していたところ、このページを見つけました。
再インストールするか迷ってたので、とても助かりました。

やり方は簡単で、compiz fusion icon と言うツールをインストールするだけです。

$ sudo aptitude install fusion-icon
※apt-get を使っている方は、apt-get を使ってください。

インストール終了したら端末から、fusion-icon で起動します。
通知スペースにアイコンが現れます。矢印が付いてるのですぐ分かります。
右クリックで Reload Window Manager をクリックしてください。

これで視覚効果を有効に出来た場合は、システム -> 設定 -> 外観の設定から、視覚効果タブで追加効果を選択出来るようになります。設定を保存する旨ダイアログが出たら完了です。
次回起動時からも視覚効果が有効になっているはずです。
もし、これが上手くいかない場合は、サイトの説明通り、自動起動するアプリ(セッション)に登録してください。

ここまで上手くいったら、下記のように設定マネージャをインストール。

$ sudo aptitude install compizconfig-settings-manager simple-ccsm
※apt の方は、apt を使ってください。

あとは、グリグリ、プルプル、エンジョイしてください。