作成時にデータの保存領域の作成を設定されていれば再起動後も設定が反映される筈ですが変ですね。

１、初期設定ファイルを書き換えなければ行けない
２、データ保存領域が存在しない。
３、データ保存領域を使用するオプションが付いていない


質問は「１」だと思うのですが、Ubuntu 9.04 のライブUSB作成ソフトではデータ保存領域が作成されないバグあると聞いていますので、Windows等からUSBメモリを展開してファイル名「casper-rw」が存在するかどうか確認してみてください。
「３」はライブUSBを作成時に「データ保存領域を作る」を選択しなかったか、手動での書き換えを行っていなければ大丈夫です。