補足です。。。
eclipseで使用するJREを変更したい場合、下記のような手順が必要です。

(1) 「ウィンドウ」メニューから設定を選択
(2) 設定ダイアログでJava->インストール済みのJREを更新を選択
(3) 追加したいJREを設定

余計なことかもしれませんが、eclipse3.3以降を導入しようとしたらgcjでeclipseが起動してしまい、エラーメッセージが
表示されました。対応としてはそのままeclipseを閉じずに起動させて上記の手順でJREを変更して対応しました。
トラブルになりやすい原因のひとつなのでJRE、JDKについては気をつけてください。。。m(_   _)m

yama による投稿:

STGSAGWAN による投稿:

Ubuntuデスクトップの場合、Synapticをよく使いますので、aptitudeとの混合は避けたほうがよいと思います。

今は混在しても問題ありません。

私の知識たらずなな余計な発言となってしまったようです。
今なら混在しても構わないのですね。勉強になりました。
# はて、今っていつだろう？

指摘事項を反映して導入法方を更新しました。とりあえず、参考まで・・・。

★インストール
下記のコマンドを端末より実行。問題ないと思います。
sudo aptitude install eclipse

★日本語化
日本語化パッケージはいろいろあるかと思いますが、NLpackを使用したいと思います。
（以前、会社で仕事をしていたときはNLpackを使用してたので。。。）
下記のURLよりパッケージをダウンロードします。

http://archive.eclipse.org/eclipse/down … /index.php

※日本語化パッケージについてはバージョン3.2を使用しています。Ecliopse3.2以降を使用する場合は下記のサイトからダウンロードします。
http://www.igapyon.jp/blanco/nlpack/eclipse/index.html
※ただし、最新のEclipse3.5(ガリレオ？）を日本語化する場合、まだWindows版しかリリースしていないみたいなので現状では3.4まで使用できます。一応、Eclipse3.4については日本語化されたことは確認しました。

ダウンロードしたパッケージを展開します。

unzip NLpack1-eclipse-SDK-3.2-gtk.zip

下記のコマンドを端末から実行します。
cd eclipse
sudo cp -R eclipse/features/  /usr/lib/eclipse/features/
sudo cp -R eclipse/plugins/  /usr/lib/eclipse/plugins/

以上で日本語化の作業は完了です。eclipseを起動して日本語化されていることを確認してください。

★Tomcatのプラグイン
EclipseにTomcatをプラグインする方法を下記に記載します。

■tomcat pluginのダウンロード
下記のサイトよりパッケージをダウンロードします。
http://www.eclipsetotale.com/tomcatPlugin.html#A3

一度Eclipseを停止します。
ダウンロードしたtomcatPluginV321.zip を解凍します。

unzip tomcatPluginV321.zip

解凍するとcom.sysdeo.eclipse.tomcat_3.2.1が作成されるのでeclipseのpluginsディレクトリ( /usr/lib/eclipse/plugins )に下記のコマンドで保存します。

sudo mv com.sysdeo.eclipse.tomcat_3.2.1 /usr/lib/eclipse/plugins

■Eclipse Tomcatのホームディレクトリ設定

●バージョン設定
ウィンドウ -> 設定 -> tomcat から、Tomcatバージョンを設定します。(6.x)

●ホームディレクトリ
tomcatのインストールで設定したディレクトリ。
（例）/usr/local/apache-tomcat-6.0.18

●コンテキスト宣言モード
server.xmlを選択。

●Tomcatのパースペクティブのカスタマイズ設定
ウィンドウ -> パースペクティブのカスタマイズ -> tomcat にチェック。

●Tomcatの使用言語の設定
ウィンドウ→設定 - >tomcat -> JVMの設定 -> jdkを指定。

★eclipseの起動
sudo eclipse -clean

ページの紹介ですが、eclipse3.5の新機能について参考になるかなと思うページがあったので載せておきます。。。
面白い（？）機能があるみたいです。

http://www.atmarkit.co.jp/fjava/rensai4/devtool06/devtool06_1.html

eclipse3.5の使用を検討するときのご参考に・・・。

eng16danbo による投稿:

まだ試していないのですが、ecliopse3.5（Eclipse IDE for Java Developers）だとJ2EEによるサーバーサイド開発環境を
構築するのが大変だとのこと。（一部では構築できないとの声も・・・）
サーバーサイド開発の場合はEclipse IDE for Java EE Developerを入れたほうが開発環境の構築が楽かもしれません。
構築する上での盲点でした。スミマセン。。。m(_  _)m

Eclipse IDE for Java Developersを入れ直さないとダメかなぁと思っていましたが、下記コマンドで確認したところ、

aptitude search eclipse

WTP(Web Tools Platform)がインストールできるみたいです。

i   eclipse                         - Extensible Tool Platform and Java IDE     
p   eclipse-cdt                     - C/C++ Development Tools for Eclipse       
p   eclipse-common-nls              - localized message catalog for Eclipse     
i A eclipse-cvs                     - CVS plug-in for Eclipse                   
p   eclipse-cvs-sdk                 - CVS plug-in for Eclipse                   
p   eclipse-dltk                    - Eclipse Dynamic Languages Toolkit Project
p   eclipse-dltk-rse                - Eclipse Dynamic Languages Toolkit Project
p   eclipse-dltk-rse-sdk            - Eclipse Dynamic Languages Toolkit Project
p   eclipse-dltk-sdk                - Eclipse Dynamic Languages Toolkit Project
i A eclipse-dtp                     - Data Tools Platform plug-ins for Eclipse 
p   eclipse-dtp-sdk                 - Data Tools Platform plug-ins for Eclipse 
p   eclipse-efj                     - Eclipse Java code formatter               
i A eclipse-emf                     - Eclipse Modeling Framework plug-ins for Ec
p   eclipse-emf-doc                 - Eclipse Modeling Framework plug-ins for Ec
p   eclipse-emf-sdk                 - Eclipse Modeling Framework plug-ins for Ec
p   eclipse-gcj                     - Native Eclipse run with GCJ               
i A eclipse-gef                     - Grafical Editing Framework plug-ins for Ec
p   eclipse-gef-doc                 - Grafical Editing Framework plug-ins for Ec
p   eclipse-gef-sdk                 - Grafical Editing Framework plug-ins for Ec
i A eclipse-jdt                     - Java Development Tools plug-ins for Eclips
c   eclipse-jdt-gcj                 - Java Development Tools plug-ins for Eclips
p   eclipse-jdt-nls                 - localized message catalog for Eclipse     
p   eclipse-jdt-sdk                 - Java Development Tools plug-ins for Eclips
p   eclipse-nls                     - localized message catalog for Eclipse     
i A eclipse-pde                     - Plug-in Development Environment to develop
c   eclipse-pde-gcj                 - Plug-in Development Environment to develop
p   eclipse-pde-nls                 - localized message catalog for Eclipse     
p   eclipse-pde-sdk                 - Plug-in Development Environment to develop
p   eclipse-pdt                     - PHP Development Tools plug-ins for Eclipse
p   eclipse-pdt-sdk                 - PHP Development Tools plug-ins for Eclipse
i A eclipse-platform                - Eclipse platform without plug-ins to devel
i A eclipse-platform-common         - Eclipse platform without plug-ins to devel
c   eclipse-platform-gcj            - Eclipse platform without plug-ins to devel
p   eclipse-platform-nls            - localized message catalog for Eclipse     
p   eclipse-platform-sdk            - Eclipse platform without plug-ins to devel
p   eclipse-platform-sdk-common     - Eclipse platform without plug-ins to devel
p   eclipse-pydev                   - Python development plug-in for Eclipse   
p   eclipse-pydev-gcj               - Python development plug-in for Eclipse (GC
p   eclipse-rcp                     - Eclipse rich client platform             
c   eclipse-rcp-gcj                 - Eclipse rich client platform (GCJ version)
p   eclipse-rcp-nls                 - localized message catalog for Eclipse     
p   eclipse-rse                     - Remote System Explorer plug-ins for Eclips
p   eclipse-rse-sdk                 - Remote System Explorer plug-ins for Eclips
p   eclipse-sdk                     - Extensible Tool Platform and Java IDE     
p   eclipse-sdk-nls                 - localized message catalog for Eclipse     
p   eclipse-source                  - Eclipse source code plug-ins             
p   eclipse-subclipse               - Subclipse plug-ins for Eclipse           
i   eclipse-wtp                     - Eclipse Web Tools Platform plug-ins for Ec
p   eclipse-wtp-sdk                 - Eclipse Web Tools Platform plug-ins for Ec

発言が二転三転してしまったみたいでスミマセン。
調査不足でした。