状況がよく見えないのですが、
1. 他のアプリケーションのウィンドウも最大化できないのでしょうか
2. emacs-snapshotのウィンドウだけ最大化できないのでしょうか
3. 最大化したとき、他に不具合が生じるのでしょうか

あと、念のための確認ですが、環境は標準的なubuntu(gnome)環境と思ってよいでしょうか。
Desktopの3D視覚効果は有効でしょうか。無効でしょうか。