#1のkaznonさんへ

1. テーマは標準の「Human」から別のテーマへ変更するが、アイコンは標準の「Human」ままがよい、という話ならば、
外観の設定画面で、希望のテーマを選んで、「カスタマイズ」ボタン -> 「アイコン」タブで希望のアイコン「Human」を選びます。
すると、「その他」というテーマが出現しそれを選んでいることになるので(*1)、「別名で保存」ボタンを押して、分かりやすい名称でカスタマイズしたテーマを保存するとよいと思います。(別名で保存する作業は必須ではありませんが、お勧めです。)
*1 そうならない場合は、一旦「外観の設定」画面を開き直してください。

そのカスタマイズしたテーマは、~/.themes/<テーマの名称>/index.themeというファイルに定義されます。
中身を見てみると、

例えば、テーマに「ハイコントラストの反転」を選び、アイコンを標準の「Human」にカスタマイズし、それを「MyHighContrastInverse」という別名で保存した場合は、

$ cat ~/.themes/MyHiContrastInverse/index.theme

[Desktop Entry]
Name=MyHiContrastInverse
Type=X-GNOME-Metatheme
Comment=

[X-GNOME-Metatheme]
GtkTheme=HighContrastInverse
MetacityTheme=Atlanta
IconTheme=Human
CursorTheme=default
CursorSize=18

のようになります。

GtkTheme=HighContrastInverse
IconTheme=Human

の2行で類推されるように、
GtkTheme(テーマのこと)は、HighContrastInverse(システム標準で用意されたテーマ)
IconTheme(アイコンのこと)は、Human(Ubuntu標準)
という"ハイブリット状態"になっていることが分かります。


3. システム共通は /usr/share/icons、ユーザ個別は ~/.icons だと思います。(経験上)


4. GnomeのThemeやIconの仕組みの知識が必要になります。
私も以前アイコン関係で回答する際に( https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic … 170#p27170 )色々調べたのですが、エンドユーザ向けで日本語の資料は私には見つけることができませんでした。
アイコンテーマ作成者向けで英語というのはGnomeのホームページあたりにあったような気がしますが、ある程度分かっていないとさっぱり分からない、そんな資料だったように思います。
結局は実際に動かしてみて、どう設定するとどうファイルが配置されるのか？という研究をして、私にはある程度分かってきましたが、体系だって教えられるレベルまで達していません。
とはいえ、kaznonさんのやりたい事をもう少し具体的に教えていただければ、何かしら力になれると思います。