#1のshermansweetさんへ

shermansweet による投稿:

ブックマークはＢookmarksというプレインテキストなので
たぶんあるファイルに追記すればいいのではと思っています。
（文字コードの違いがあるかもしれませんが）

↑の方法を試されてみてはどうでしょうか？

あと、Google Chromeに特化した日本語フォーラムってあるんですね。
ご参考になれば
http://www.google.com/support/forum/p/chrome?hl=ja

大変遅い回答になりましたが
http://www.google.com/support/forum/p/chrome/thread?tid=3e7875ca041ce016&hl=ja
から
http://dev.chromium.org/user-experience/user-data-directory
を教えられ

Linuxでは
Google Chrome: ~/.config/google-chrome/Default
Chromium: ~/.config/chromium/Default
に設定ファイルがあることが分かりました。

$　cp -f　Bookmarks　 ~/.config/google-chrome/Default
で問題なくブックマークを引き継ぐことができました。