ちょっとググってみたのですが、やはりtables.pyを編集しているという話ぐらいしか見つからなかったです。。
http://d.hatena.ne.jp/tettou77-2/20091108/1257689047
とか。

いっそSCIMをインストールして、そちらを使うようにした方が良いかも。

実際にローマ字テーブルをカスタマイズしていましたので、結果を報告します。
/usr/share/ibus-anthy/engine/tables.py
を編集して
romaji_correction_rule = {

}
の部分に
u"pr" : (u"ぷ", u"r"),
の一文を追加しました。

しかし、デフォルトではromaji_correction_ruleは参照されていないみたいで
/usr/share/ibus-anthy/engine/romaji.py
の中の
#        jachars, c = romaji_correction_rule.get(text, (None, None))
        jachars, c = romaji_correction_rule_get(text, (None, None))
部分を
        jachars, c = romaji_correction_rule.get(text, (None, None))
#        jachars, c = romaji_correction_rule_get(text, (None, None))
とする(コメントアウトの行を逆にする)ことにより、romaji_correction_ruleを参照するようになりました。

以上のカスタマイズにより意図したとおりの変換が出きるようになりました。