私の見解で恐縮です。

基本のコマンド集は見ましたが、具体的にどう活用するのかが分かりません。
「当たり前の事」と言っても、人それぞれにとらえ方があると思いますが、
「例えば、~~~」だとか、「基本はこうだ。」と言うようなご説明はないでしょうか?

GUIとCLIが有ります。　GUIはGraphical User Interfaceの略、CLIはCommand Line Interfaceの略です。
（CLIはCUIはCharacter based User Interface と同義ですが古くはCLIとする様です）

GUIはWindowsに代表されるようにマウスを使用してデスクトップ上でアイコンやウィンドウを開き、PCを操作します。
CLIはキーボードからコマンドを入力してPCを操作します。　

戸惑いそうになるのはCLIのLinuxにGUIを実装して混在している事。　Windowsの普及によりPC＝GUIの常識が定着している事がCLIの理解の障壁になっているかも知れませんが、両者とも操作方法が違えど同じ内容を実行していると考えて下さい。

はじめに
Windowsでデスクトップフォルダを覗く場合（デスクトップフォルダはわざわざ覗く必要は無いけど）
マイコンピュータ、Cドライブ、Documents and Settings、ユーザー名、デスクトップと順にクリックしていきます。
階層表記は
C:\Documents and Settings\ユーザー名\デスクトップ

CLIではこの操作を「cd」コマンドを用いて行ないます。　cd はカレントディレクトリ（今いる所）の移動に使いますがカレントディレクトリの意味は今は考える必要は無いでしょう。
$ cd /home/ユーザー名/デスクトップ

これで上記2つは同じ操作をしたことになります。　しかし！　悲しいかなCLIではデスクトップフォルダの中身が見えません、そこで「ls」です。
フォルダ＝階層＝ディレクトリの内容を表示します。
$ ls
これは現在いる場所のディレクトリの内容を表示します。　それは＄の後ろを見ると分かるでしょう、ちなみに~(チルダ)はログインユーザーのホームディレクトリを表しています。　現在の場所（カレントディレクトリ）に関係なくディレクトリの内容を見るには「ls」に続き場所を指定します。
$ ls /home/ユーザー名/デスクトップ

コマンドですがコマンドリファレンスを一冊手元に置くかネット上で分かりやすい物を探してみましょう。

基本パターンは
・コマンド [オプション] [ディレクトリorファイル名]
・大文字小文字は区別される
・基本的に全て半角である、ファイル名などに日本語文字は避けた方が無難

デスクトップにあるファイルMyTxtをデスクトップにあるフォルダDocuに移動させるにはファイル、ディレクトリの移動「mv」です。
基本パターンと照らし合わせると
コマンド [オプション] [移動するディレクトリorファイル] [移動先のディレクトリ]
$ mv /home/ユーザー名/デスクトップ/MyTxt /home/ユーザー名/デスクトップ/Docu

コピーや削除、名前の変更etc...   沢山有りますが基本パターンを元に行なえば大丈夫です。
応用等は混乱するといけないので今回は省略しています。

[オプション]について、
オプションはコマンドの動作を変更させます、もちろん予め用意されたオプションと動作です。
通常は[　-a  ]様に[-]の後にオプションを付けます。　複数の場合は[  -abcd  ] もしくは[  -a -b -c -d]

「ls」では
-l　＝　詳細を表示する
-F  ＝　種類を表す記号を表示
-i　＝　iノードを表示
-o　＝　lの詳細表示からグループを省いた物
-r　＝　逆順に表示
-f　＝　ソートしないで表示
-t　＝　タイムスタンプ順に表示
以下省略、、、
使用方法は
$ ls -l /home/ユーザー名/デスクトップ
もしくは
$ ls -l
実際に比べて見てください。

書籍、ネット上でと書きましたがUbuntu上でも情報は得られます。「man」コマンドと「help」オプション
$ man [コマンド名]
$ [コマンド名] -h　　もしくは　　$ [コマンド名] --help

manに関しては英文ですが全てでは無いですが日本語の翻訳が進められています。
$ sudo apt-get install manpages-ja
実行後
$ man apt-get
を実行してみて下さい、理解が深まるかもしれません。

ご回答誠にありがとうございました。
色々とトライしてみようと思います。
今後とも、宜しくお願い致します。