現在開発中である10.04からのGNOME端末は、2009/12/15の
http://mail.gnome.org/archives/svn-commits-list/2009-December/msg03228.html
の修正点が反映されたバージョンとなり、

プロファイルの設定＞全般 タブ

にデフォルト縦横サイズの設定項目が備わるようです。
# 少なくとも gnome-terminal (2.29.1-0ubuntu2) にはある

gconf-editor や gconftool-2 で作業する際のキーは /apps/gnome-terminal/profiles/ で、
例えば gconftool-2 コマンドを使って Default プロファイルに設定するには

gconftool-2 --type=int --set /apps/gnome-terminal/profiles/Default/default_size_columns 132
gconftool-2 --type=int --set /apps/gnome-terminal/profiles/Default/default_size_rows 43

のようになります。

・端末のデフォルトサイズ設定の質問をそこそこの頻度で見かけた覚えがある。
・設定項目が出来て何より自分がうれしい
ので報告致します。

# 位置の設定はないので、初期位置を固定するには依然として --geometry オプションをつけたランチャーを作る等の手法は必要。