#2
Ubuntu Tweakを終了した直後に#1の状況になってしまい、再起動しようがnautilusを再インストールしようが治らないということです。
nautilusだけを起動してもウィンドウには表示されません。

また、昨日まではnautilusを削除すれば一時的に治っていたのですが、今日nautilusを削除するとGNOMEが起動しなくなりました。
nautilusをインストールすれば治るのですが、#1の画像のようになってしまい、CPUが常に70%ほど負担している状態なので、Openboxで起動しています。（gnome-sessionが依存関係で削除されてしまうのが原因？）