いきなり自己レスですが、、、

Flash の再生に、http://labs.adobe.com/downloads/flashplayer10_64bit.html からダウンロードしたPluginを使っていました。調子良く動いていました。しかし、本日、Ubuntuのアップデートをすると、ニコニコが見れなくなりました。Ubuntu/9.10 (karmic) 64 bit, Firefox/3.5.3 です。

今回のアップデーとで、Firefox ご謹製のPluginが大量に追加されており、Flashの再生Pluginが、Gnash SWF Player に(勝手に)変えられていました。これがちゃんと動かないみたいです。

なので、Flashの再生Pluginを Adobe Flash Player(Installer) に戻すと、またニコニコ見れるようになりました。
戻しかたは、ツール →プラグインの管理→で、Shockwave Flash(application/x-shock...) の右欄をクリックして、Gnash SWF PlayerをAdobe Flash Player(installer)に変えます。