にかいてある方法とUSBブートはいっしょなんですか？違いがあるんですか？

USBブートはUSBメモリ等から起動出来るもの全ての起動様式の名称、類似にCDブート、ブートフロッピー。

USBスタートアップディスクの作成となんの違いがあるんですか？

USBスタートアップディスクはライブCDをUSBメモリで使用出来るようにしたものです。
OSとしての使用感は同じなので、インストール前の動作確認、緊急時のレスキューや簡易な使用に適しています。
もちろんインストールディスクとしても機能します。
細部の仕組みが違うために通常のアップデート、アップグレード、ブートローダの変更は出来ません。
カスタマイズにも向いていません

設定などを変更したら、保存されるんですか？

HDDにインストールするのと同じ方法なので設定の保存以外も全て通常インストールと同じです。
USBスタートアップディスクは一部の設定やデータの保存が行えます。

インストールはどのくらいの時間がかかりますか？

30分位だったような気がしますが、、、　　インストール後のアップデートに1時間近くだったかな。
USBスタートアップディスクは10分前後？

ここにかいてある方法でUSBにUbuntu9.10をインストールすると何ができるようになるんですか？

質問の意味が読めないのですが、、、お使いのPCの環境でUbuntu9.10が出来ること全てです。