今回の場合、apt-get source でダウンロードしたパッケージにパッチを当てるということなので、比較的簡単に行なえます。

1. ダウンロードしたdiffファイルを、gimp-painter--20090715.patchという名前にしてから、gimp-2.6.8/debian/patchesディレクトリにコピー(移動)してください。
2. 次に、バージョン番号を変更します。まず、端末でgimp-2.6.8のディレクトリに入ります。バージョン番号を、2.6.8painter-ubuntu0とする場合は、

dch -v 2.6.8painter-ubuntu0

を実行してください。
changelogの雛形が作成されるので、適当に入力してCtrl+Oで保存してください。この時、ファイル名から「.dch」を取り除いてください。Ctrl+Xで終了します。
3. 以下を実行すると、親ディレクトリにパッケージが作成されます。

dpkg-buildpackage -rfakeroot -uc -b

みなさまどうもありがとうございます。以下の操作でパッケージ化＆インストールができました。

~$ mkdir temp
~$ cd temp
~$ sudo apt-get build-dep gimp
~$ apt-get source gimp
~$ cd gimp-2.6.8/debian/patches
~$ wget http://jaist.dl.sourceforge.jp/gimp-painter/41325/gimp-painter--20090715.diff -O 05_gimp-painter--20090715.patch
~$ cd ../../
~$ dch -v 2.6.8-2ubuntu1.1+painter

ChangeLogの編集。nanoを選択。興に乗っていたので、以下を追記。
  * debian/patches/05_gimp-painter--20090715.patch
    + Add Mixbrush and GPen tools
Ctl+X、y。ファイル名の拡張子「.dch」を消し、y、Enterで上書き保存。

~$ dpkg-buildpackage -rfakeroot -uc -b
パッケージ化開始。

~$ cd ../
~$ sudo dpkg -i gimp_2.6.8-2ubuntu1.1+painter_amd64.deb
インストール開始

mizuno による投稿:

amd64でもビルドそのものは通ります。ただしパッチが http://wiki.debian.org/ImplicitPointerConversions  の問題を踏んでいるようで、PPAが公開を許可してくれない（ビルド失敗扱い）になるようです。

この件、パッチ開発者さんに報告しておきましょうか？

修正されたパッチがリリースされていましたので、Lucid版パッケージをPPAに置いておきました。ご参考までに。
https://launchpad.net/~mizuno-as/+archive/ppa

投稿の途中で、エンター押してしまいました。。。
Mizunoさん、どうもありがとうございます。うちの環境には無事に入り、動作も問題ありません。
パッチ開発者さんには、私からお礼をいっておきますね。

それではみなさん、お絵描きも楽しみましょう！！

#-preemptは-rtよりも若干処理が遅い感じ。うーん、プラシーボ効果みたいなものかも。。。