今回、アプリケーションの追加について分からないことがあるので、質問させていただきます。

現在、64bit版を使用しており、環境整備のためにいくつかのアプリケーションのインストールを行っています

しかし、VMware(Player,Workstation　ともに）、Adobe AIRなど、aptでインストールのできないアプリケーションをインストール後アプリケーションに表示されるのですが、再起動すると、アプリケーションに表示されなくなります。
端末からの起動は行えます。

もし、このような現象について理解のある方がいましたら、助言いただけないでしょうか？？