ponkさんのここまでの手順に問題はないと思います。

ponk による投稿:

ここからが問題で、インストール方法もしくは手順に間違いがあるのか、起動時に使用するOSを選択する事ができません。

1. 都度BIOSの設定を行ってマスターのHDDから起動するかスレーブのHDDから起動するか選ぶ
2. BIOSの設定はマスターのHDDにしておき、マスターのHDDにインストールされているUbuntuのブートローダGRUBでWinXPも選択できるようにする

の2通りかと思います。

2. を行うのであれば、HDDを2台つないだ状態で、マスターのHDDにインストールされているUbuntuが問題なく起動できるのであれば、端末より

sudo update-grub

と管理者権限でGRUB設定アップデート操作を行えば、その際にWindowsXPを発見し起動時のメニューに登録してくれるのではないかと思います。


余談ながら、ponkさんのとった手順ですと、現在
・UbuntuはBIOS時計をUTCで扱う
・WinXPはBIOS時計をローカルタイムで扱う
という状況になっていると思われます。
※ https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?pid=50355#p50355 参照

UbuntuとWinXPを行き来すると時計にずれが起こるため、
管理者権限で /etc/default/rcS をテキストエディタで開き、UTC=yes の箇所を UTC=no として
UbuntuにもBIOS時計をローカルタイムで扱う設定をしておくと良いかと思います。