必要ありません。
ファイルの置き方自体が違うので、基本的には「詰める必要がありません」。
ただ、その構造的な理由によって、空き領域が極端に減った場合、断片化するような位置にファイルが格納されるようになることはあります。
上記のような状況ですので、基本的にメンテナンスされているデフラグツール自体が存在しません。

そもそも断片化によるパフォーマンス低下は、ディスクキャッシュや、HDDのキャッシュ、その他の仕組みによりある程度隠蔽される上、元のパフォーマンスも高く、よほどひどい状態にならなければ、気にするほど激しいパフォーマンスの低下はありません。
Windowsであっても、その設計に逆らうような使い方をしなければ、極端なパフォーマンスの低下はありませんし、昨今のデフラグツールは、その古いイメージとは違う挙動をし、パフォーマンスを引き出すような配置を行っています。

同時書き込みが多発するような使い方をするとパフォーマンスが低下するらしいですが、
デスクトップ用途なら必要無いのではないでしょうか。

Crush による投稿:

　ext4の場合は、オンラインでフラグがファイルシステムに含まれていたような記憶もあります。

オンラインデフラグはまだ、

パッチはありますが、十分にはテストされていません

って状態だったと思うのですが。

現在のUbuntuの既定として採用されているext4ファイルシステムでは、
aaabbbcccdddeeefffggghhh さんの仰るように実験的なものが難しい手順を踏めば一応存在するという状況のため
「OSは出来るだけ遅くならないようにはしているがデフラグは出来ない」と思って良いと思います。

今後、「きわめて楽観的に進んで」半年、「たぶん」２年か３年後
# http://gihyo.jp/admin/clip/01/ubuntu-topics/201005/21
# http://www.phoronix.com/scan.php?page=news_item&px=ODI0NA
に、btrfsファイルシステムが(比較的容易に)使えるようになった後は、最小で1ファイル単位からデフラグ出来るようになるはずです。

あと、xfsにはデフラグがあったと思います。